Στις 23 Ιουλίου 1833 η βαυαρική Αντιβασιλεία, στο όνομα του Όθωνα, ο οποίος αναφέρεται ως «ἐλέῳ Θεοῦ Βασιλεύς τῆς Ἑλλάδος», καταθέτει με νομοθετική πράξη τη Διακήρυξη «περὶ τῆς ἀνεξαρτησίας τῆς Ἑλληνικῆς Έκκλησίας». Στο άρθρο 1 (Φ.Ε.Κ. 23 Ιουλίου/4 Αυγούστου 1833) διαβάζουμε:
«Ἡ ὀρθόδοξος Ἀνατολική Ἀποστολική Ἐκκλησία τοῦ Βασιλείου τῆς Ἑλλάδος, ἐν Πνεύματι μὴ ἀναγνωρίζουσα ἄλλην κεφαλήν, παρὰ τὸν θεμελιωτὴν τῆς Χριστιανικῆς πίστεως, τὸν Κύριον καὶ Σωτῆρα ἡμῶν Ἰησοῦν Χριστόν, κατὰ δὲ τὸ διοικητικὸν μέρος ἔχουσα ἀρχηγὸν τὸν Βασιλέα τῆς Ἑλλάδος, εἶναι Αὐτοκέφαλος καὶ ἀνεξάρτητος ἀπὸ πάσης ἄλλης ἐξουσίας φυλαττομένης ἀπαραχάρακτου τῆς δογματικῆς ἐνότητος, κατὰ τὰ παρὰ πάντων τῶν ὀρθοδόξων Ἀνατολικών Ἐκκλησιῶν ἀνέκαθεν πρεσβευόμενα».
Η ανακήρυξη του Αυτοκέφαλου της ελλαδικής εκκλησίας ως μία από τις πρώτες πράξεις της Αντιβασιλείας δείχνει πόση μεγάλη σημασία έδιναν οι Βαυαροί σε αυτό. Στην πραγματικότητα πρόκειται για μια άμεση ενέργεια, σχεδόν πραξικοπηματικού χαρακτήρα, η οποία αιφνιδίασε και κατέστησε σαφές ότι το κράτος είναι πλέον ο φορέας που δύναται να επιβάλλει ακαριαία και άμεσα τη θέλησή του. Ο ίδιος ο Όθωνας σε επιστολή προς τον πατέρα του, Λουδοβίκο, στο Μόναχο, στις 13 Μαΐου 1833, αναφέρει χαρακτηριστικά:
«Ἡ πνευματικὴ ἀρχὴ τοῦ κλήρου τῆς χώρας θὰ μποροῦσε νὰ γίνει ἐπικίνδυνη γιὰ τὸν κοσμικὸ ἄρχοντα, ἂν ὁ ἀνώτερος κλῆρος συνιστοῦσε μία ὁμάδα, καθόσον ὁλόκληρος ὁ κλῆρος κατόπιν θὰ ἔπαιρνε τὸν λαὸν μὲ τὸ μέρος του ἐναντίον τοῦ ἄρχοντα. Νομίζω ὅτι θὰ μπορούσαμε νὰ ὑπερβοῦμε ὅλες αὐτὲς τὶς δυσκολίες ὰν δημιουργούσαμε μιὰ σύνοδο ὑπὸ τὴν διεύθυνση κάποιου Μητροπολίτου ποὺ θὰ ἦταν κάτι σὰν τοὺς προέδρους τῶν δικῶν μας ἐπιτροπῶν καὶ οὐσιαστικὰ δὲν θὰ εἶχε ἐξουσία. Σὲ ὁρισμένα χρονικὰ διαστήματα ὁ ἄρχοντας θὰ μπορεῖ νὰ διαλέξει τὰ μέλη αὐτῆς τῆς συνόδου.»
Παράλληλα, το Αυτοκέφαλο αποτελεί μια κίνηση που συμβάλει στην προσπάθεια εκκοσμίκευσης και αποσκοπεί στην υπαγωγή της θρησκευτικής εξουσίας στην πολιτική. Με τη δημιουργία, λοιπόν, της ελλαδικής Εκκλησίας από το ελληνικό κράτος, η ίδια γίνεται κρατικός θεσμός, απόλυτα ελεγχόμενος από την κρατική εξουσία. Αποκτά καταστατικό λειτουργίας και αναγνωρίζει ως κεφαλή της τον βασιλιά, ο οποίος, ως εντεταλμένος του θεού, επιλέγει τους Επισκόπους της αρεσκείας του.
Η φιλελεύθερη εφημερίδα «Αθηνά» υποδέχεται με ενθουσιασμό την απόφαση για εκσυγχρονισμό της Εκκλησίας και θριαμβολογεί για την ανεξαρτητοποίηση της ελλαδικής Εκκλησίας (Αθηνά, 19 Ιουλίου 1833).
Η ανακήρυξη του Αυτοκέφαλου από την πλευρά των Βαυαρών συνιστά μια ενέργεια πειθάρχησης στην έννοια του κράτους και ταυτόχρονα μια απόπειρα πολιτικού και ιδεολογικού ελέγχου πάνω στην εκκλησιαστική εξουσία. Είναι μια σαφής δήλωση ότι το έθνος πλέον ορίζεται πολιτικά και όχι θρησκευτικά. Η ανακήρυξη του Αυτοκέφαλου λειτουργεί ως φράγμα στη ρωσική επιρροή. Η Αντιβασιλεία είναι φανερό πως γνωρίζει τον πολιτικό ρόλο αλλά και τη σχέση του Κλήρου με τη ρωσική πολιτική και επιδιώκει την αποδυνάμωσή της. Παράλληλα, το αλλόδοξο του βασιλιά αλλά και η έλευση δυτικών ιεραπόστολων δυναμιτίζουν περισσότερο την ατμόσφαιρα.
Ειδικότερα, το κλείσιμο των μοναστηριών υπήρξε μια κίνηση η οποία θεωρήθηκε ευθεία βολή. Με αφορμή το κλείσιμο των μοναστηριών χύθηκε πολύ μελάνι στον Τύπο, αλλά και η αντιπολίτευση οργάνωσε πολλές εκδηλώσεις διαμαρτυρίας. Η λαϊκή δυσφορία εκφράστηκε έντονα στο θέμα των μοναστηριών. Εξάλλου, ο τρόπος με τον οποίο πραγματοποιήθηκε η εκποίηση της μοναστηριακής περιουσίας δημιούργησε πολλές δυσαρέσκειες, καθώς θεωρήθηκε ιεροσυλία η πώληση των ιερών αντικειμένων, αλλά και επειδή οι αγοραπωλησίες, οι οποίες είχαν ανατεθεί στις τοπικές αρχές, δεν ήταν αδιάβλητες.
Η εφαρμογή του Βασιλικού Διατάγματος περί διαλύσεως των μονών και δημεύσεως της περιουσίας τους από το Δημόσιο, έλαβε χώρα όταν κοινοποιήθηκε στους κατά τόπους Νομάρχες, Επάρχους και Εφόρους. Τα θλιβερά και ανευλαβή γεγονότα που επακολούθησαν με την εφαρμογή του, θα τα αφήσουμε να μας τα διηγηθεί ο Χρήστος Γιανναράς από το βιβλίο του «Ορθοδοξία και Δύση», σελίδες 272 – 274, στο οποίο υπάρχει και η αντίστοιχη βιβλιογραφία για τα γεγονότα αυτά:
«Τα γεγονότα που ακολούθησαν μετά το διάταγμα για το κλείσιμο των μοναστηριών, μαρτυρούν ποια στελέχωση της δημόσιας διοίκησης είχε πετύχει μέσα σε μικρό διάστημα η αντιβασιλεία – πόσο ραγδαία ήταν η θρησκευτική αλλοτρίωση των Ελλήνων που την υπηρετούσαν. Τα όσα εκτυλίχθηκαν μέσα σε λίγες μέρες δεν τα είχε γνωρίσει η Ελλάδα ούτε στα τετρακόσια χρόνια της Τουρκοκρατίας, ούτε στις εισβολές ποικίλων κατακτητών που είχαν κατά καιρούς καταλάβει ελληνικά εδάφη.
Οι νομάρχες ή οι έπαρχοι με τους υπαλλήλους τους και με συνοδεία ενόπλων τμημάτων της χωροφυλακής εισέβαλαν στα μοναστήρια, απομάκρυναν με τη βία από τον χώρο τους μοναχούς και τις μοναχές και άρχιζαν την λεηλάτηση. Ορμούσαν καταρχήν στο άγιο βήμα, άρπαζαν τα ιερά σκεύη της λατρείας, γύμνωναν την αγία τράπεζα, ξήλωναν τις εικόνες από το τέμπλο και ξεκρεμούσαν τις φορητές από τους τοίχους. Μαζί με τα άμφια των ιερέων, τα κανδήλια, τα λειτουργικά βιβλία, όλα τα «λάφυρα» στοιβάζονταν ποδοπατημένα στο κέντρο του ναού ή νάρθηκα. Εκεί άρχιζε ο διαχωρισμός των «άχρηστων» από τα «χρήσιμα», και τα μεν χρήσιμα καταγράφονταν, τα δε άχρηστα καίγονταν στο προαύλιο. Στη συνέχεια ξεκολλούσαν και τα στασίδια από τους τοίχους, μάζευαν ως “και τας βακτηρίας (πατερίτσες) των γερόντων μοναχών”, σφράγιζαν την εκκλησία, φόρτωναν σε σακιά και κοφίνια τη λεία, πρόσθεταν και τα σκεύη του μαγειρείου, της τράπεζας των μοναχών και ό,τι χρήσιμο συγκέντρωναν από έρευνα στα κελιά, και αναχωρούσαν, σφραγίζοντας και τις πύλες του μοναστηριού, με τους μοναχούς να θρηνούν ολόγυρα.
Το ποσό που τελικά αποδόθηκε στο Εκκλησιαστικό Ταμείο από την πώληση της κινητής και ακίνητης περιουσίας των διαλυθέντων μοναστηριών, ήταν κυριολεκτικά κωμικό. Το μεγαλύτερο μέρος των πολύτιμων σκευών διαρπάχτηκε από την κρατική υπαλληλία, πουλήθηκε στα παζάρια, εικόνες και άμφια ανεκτίμητης καλλιτεχνικής αξίας καταστράφηκαν. Ακόμα και σε αντικείμενα οικιακής χρήσης μεταβλήθηκαν τα εκκλησιαστικά σκεύη της λατρείας: «Εἰς τῆς μεταλήψεως τὴν ἀργυρὰν φιάλη, μεθᾶ ὁ κλέπτης Ἔφορος μ’ ἀναίδειαν μεγάλην!», έγραφε αργότερα ο ποιητής Παναγιώτης Σούτσος».
Στις αγοραπωλησίες της δημευθείσας μοναστικής περιουσίας δυστυχώς συμμετείχαν και κάποιοι επίορκοι μοναχοί. Γράφει για το θέμα αυτό στην «Εκκλησιαστική Ιστορία της Ελλάδος» ο Αθανάσιος Γερομιχαλός σελίδα 164: «Μεγάλαι καταχρήσεις ἐγίνοντο κατὰ τὴν πώλησιν τῶν μοναστηριακῶν πραγμάτων καὶ κτημάτων. Ἔφοροι καὶ Ἔπαρχοι ἐπώλουν καὶ ἠγόραζον ὑπὸ ἄλλο ὄνομα, συντροφίαι δὲ ἐγίνοντο μοναχῶν καὶ λαϊκῶν εἰς τὸ νὰ κλέψουν ἢ νὰ κρύψουν ἢ ἀγοράσουν παρὰ τιμήν. Ὅλα τὰ εἴδη τῆς ἀπάτης καὶ τῆς δολιότητος εἰσεχώρησαν, ὡς ἂν ἐπρόκειτο περὶ κλοπιμαίων, καὶ ἀντὶ νὰ ὡφεληθῇ τὸ κοινὸν ἐκκλησιαστικὸν ταμεῖον, ὡφελήθησαν τὰ βαλάντια ὁλίγων ἐπιτηδείων.»
Αλλά και ο στρατηγός Μακρυγιάννης στα «Απομνημονεύματά του, Βιβλίο Γ΄, κεφάλαιο Β΄», ασχολείται με το θέμα της διάλυσης των μοναστηριών, τις ντροπιαστικές καταστάσεις που ακολούθησαν και την πείνα των μοναχών: «Διάλυσαν τὰ μοναστήρια, συνφώνησαν μὲ τοὺς Μπαυαρέζους καὶ πούλαγαν τὰ δισκοπότηρα κὶ ὅλα τὰ γερὰ (ενν. ἱερά) εἰς τὸ παζάρι, καὶ τὰ ζωντανὰ διὰ δίχως τίποτα. Παῖρναν οἱ τοιούτοι … Ἀφάνισαν ὅλως διόλου τὰ μοναστήρια καὶ οἱ καϋμένοι οἱ καλόγεροι ὅπου ἀφανιστήκαν εἰς τὸν ἀγώνα, πεθαίνουν τῆς πείνας μέσα στοὺς δρόμους, ὅπου αὐτὰ τὰ μοναστήρια ἦταν προπύργια τῆς ἀπανάστασής μας. Ὅτι ἐκεῖ ἦταν καὶ οἱ τζεμπιχανέδες μας κὶ ὅλα τ’ ἀναγκαία τοῦ πολέμου … Καὶ θυσίασαν οἱ καϋμένοι οἱ καλόγεροι καὶ σκοτώθηκαν οἱ περισσότεροι εἰς τὸν αγώνα».
Δημεύθηκαν όχι μόνο τα μοναστηριακά κτήματα της νεοσύστατης Εκκλησίας της Ελλάδας, αλλά και της Ανατολής δηλαδή του Παναγίου Τάφου, του Σινά και της Πάτμου. Άθικτα μόνο έμειναν της δυτικής ρωμαϊκής Εκκλησίας, τα οποία διευθύνονταν από τους επισκόπους της Παπικής Εκκλησίας.
Από τα 453 μοναστήρια των Ορθοδόξων διασώθηκαν τα 112. Τους δε ναούς των διαλυμένων μονών μπορούσαν να τους χρησιμοποιήσουν ως ενοριακούς οι πιστοί των πλησιόχωρων χωριών. Αργότερα με συμπληρωματικές εγκυκλίους περισώθηκαν και κάποια άλλα μοναστήρια και έτσι ο αριθμός των διασωθέντων μονών έφτασε τις 151. Ευτυχώς και στο κεντρικό ταμείο του Κράτους διασώθηκαν μέρος των ιερών πολύτιμων σκευών των διαλυμένων μονών, καθώς επίσης και στο Υπουργείο των Εκκλησιαστικών εξασφαλίστηκε μέρος των μοναστηριακών εγγράφων.