Η προφητεία που δόθηκε στον Ηλί εκπληρώθηκε λίγο καιρό αργότερα. Οι Φιλισταίοι συγκεντρώθηκαν για να πολεμήσουν εναντίον των Ισραηλιτών. Οι Φιλισταίοι στρατοπέδευσαν στην Αβενέζερ και οι Ισραηλίτες στην Αφέκ. Στη μάχη που ακολούθησε στην πεδιάδα οι Φιλισταίοι νίκησαν τους Ισραηλίτες, οι οποίοι άφησαν στο πεδίο της μάχης 4.000 νεκρούς.
Οι Ισραηλίτες προβληματισμένοι από την ήττα έστειλαν ανθρώπους στη Σηλώ και πήραν από κει την Κιβωτό της Διαθήκης. Οι δυο γιοι του Ηλί, ο Οφνί κι ο Φινεές, συνόδευαν την Κιβωτό.
Όταν έφτασε η Κιβωτός της Διαθήκης στο στρατόπεδο, όλοι οι Ισραηλίτες κραύγασαν με φωνή μεγάλη, από την οποία αντήχησε όλη η γύρω περιοχή. Οι Φιλισταίοι άκουσαν τους αλαλαγμούς από το στρατόπεδο των Ισραηλιτών και αναρωτήθηκαν πού οφείλονται. Όταν έμαθαν ότι έφτασε η Κιβωτός της Διαθήκης, φοβήθηκαν την παρουσία του Κυρίου ανάμεσα στους Ισραηλίτες.
Στη μάχη που ακολούθησε, οι Φιλισταίοι νίκησαν τους Ισραηλίτες, οι οποίοι τράπηκαν σε άτακτη φυγή, αφήνοντας στο πεδίο της μάχης 30.000 πεζούς. Η Κιβωτός της Διαθήκης έπεσε στα χέρια των Φιλισταίων και οι δύο γιοι του Ηλί, ο Οφνί και ο Φινεές, σκοτώθηκαν.
Τότε ένας Ισραηλίτης από τη φυλή Βενιαμίν, έτρεξε από το πεδίο της μάχης και έφτασε την ίδια μέρα στη Σηλώ με σχισμένα τα ρούχα του και με χώμα πάνω στο κεφάλι του. Ο Ηλί καθόταν στο κάθισμά του κοντά στην πύλη της Σκηνής του Μαρτυρίου και κοίταζε προς τον δρόμο, από όπου περίμενε αγγελία για την έκβαση της μάχης και είχε αγωνία για την Κιβωτό του Κυρίου. Όταν ο άνθρωπος έφτασε στην πόλη και ανήγγειλε τι έγινε, τότε όλη η πόλη ξέσπασε σε κραυγές. Ο Ηλί άκουσε τη βοή απ’ τις κραυγές και ρώτησε τι συμβαίνει. Ο αγγελιοφόρος τού είπε τι είχε συμβεί και ότι οι δυο γιοί του σκοτώθηκαν. Όταν ο Ηλί έμαθε ότι η Κιβωτός του Κυρίου έπεσε στα χέρια των Φιλισταίων, έπεσε από το κάθισμα που καθόταν προς τα πίσω και έσπασε τον τράχηλό του και πέθανε, γιατί ήταν πολύ γέρος και βαρύς.
Όταν οι Φιλισταίοι απεφάσισαν να επιστρέψουν την Κιβωτό της Διαθήκης στους Ισραηλίτες, γιατί φοβόντουσαν την παρουσία του Κυρίου, έπραξαν όπως τους είπαν οι ιερείς και οι μάντεις. Πήραν δύο αγελάδες που μόλις γέννησαν το πρώτο τους μοσχάρι, τις έζεψαν σε μια άμαξα, πάνω στην οποία τοποθέτησαν την Κιβωτό και το κιβώτιο με τα χρυσά ομοιώματα. Οι αγελάδες πήραν ίσια τον δρόμο προς τη Βαιθσαμύς. Ακολουθούσαν πάντα τον ίδιο δρόμο, χωρίς να παρεκκλίνουν ούτε δεξιά ούτε αριστερά, ενώ οι ηγεμόνες των Φιλισταίων ακολουθούσαν πίσω από την άμαξα, μέχρι τα σύνορα της Βαιθσαμύς.
Οι κάτοικοι της Βαιθσαμύς θέριζαν τα σιτάρια στην πεδιάδα. Όταν αντίκρυσαν την Κιβωτό, χάρηκαν πολύ που την είδαν. Η άμαξα συνέχισε την πορεία της και μπήκε στο χωράφι του Ωσηέ, που κατοικούσε στη Βαιθσαμύς, και σταμάτησε εκεί, κοντά σ’ ένα μεγάλο βράχο. Οι Λευΐτες της πόλης κατέβασαν την Κιβωτό του Κυρίου και το κιβώτιο με τα χρυσά αντικείμενα και τα τοποθέτησαν πάνω στον βράχο. Μετά έσχισαν τα ξύλα της άμαξας και πρόσφεραν τις αγελάδες ως ολοκαύτωμα στον Κύριο. Οι κάτοικοι της Βαιθσαμύς πρόσφεραν κι αυτοί ολοκαυτώματα και άλλες θυσίες στον Κύριο. Μνημείο αυτού του γεγονότος είναι ο μεγάλος βράχος, που πάνω του τοποθέτησαν την Κιβωτό της Διαθήκης και ο οποίος βρίσκεται στο χωράφι του Ωσηέ του Βαιθσεμίτη.
Η οργή όμως του Κυρίου έπεσε βαριά πάνω στους κατοίκους της Βαιθσαμύς, επειδή ξεσκέπασαν και είδαν την Κιβωτό και γι’ αυτό ο Κύριος θανάτωσε αυτοστιγμή 70 άνδρες και μετά άλλους 50.000 άντρες. Ο λαός πένθησε για τη μεγάλη συμφορά που τους έφερε ο Θεός και είπαν «Ποιος μπορεί να σταθεί μπροστά στον Κύριο, στον Άγιο αυτόν Θεό»; Έτσι έστειλαν αγγελιοφόρους στους κατοίκους της Καριαθιαρίμ και τους ζήτησαν να μεταφέρουν την Κιβωτό στον τόπο τους.
Ήρθαν οι άντρες της Καριαθιαρίμ και μετέφεραν την Κιβωτό της Διαθήκης στο σπίτι του Αμιναδάβ, το οποίο βρισκόταν πάνω σ’ ένα λόφο. Μετά όρισαν τον γιο του, τον Ελεάζαρ, να φυλάει την Κιβωτό. Η Κιβωτός της Διαθήκης έμεινε στην Καριαθιαρίμ είκοσι χρόνια και όλοι οι Ισραηλίτες έστρεψαν τα βλέμματά τους με μετάνοια προς τον Κύριο.