Στις 28 Μαρτίου 1897 η Εθνική Εταιρεία που επηρέαζε το λαό και τον κρατούσε σε έξαψη έστειλε 2.000 ενόπλους ατάκτους να εισβάλουν στη Μακεδονία και ν’ αρχίσουν εχθροπραξίες, ενώ άλλοι 2.000 ένοπλοι άτακτοι καραδοκούσαν στα σύνορα. Την επομένη, ο αρχιστράτηγος Κωνσταντίνος (ο διάδοχος) έφθανε στη Λάρισα κι εγκαθιστούσε το στρατηγείο του. Οι Τούρκοι μέσα σε λίγες μέρες εξουδετέρωσαν τους ενόπλους ατάκτους. Στις 17 Απριλίου ο σουλτάνος διέταξε τις τουρκικές δυνάμεις να εισβάλουν στη Θεσσαλία.
Η επίθεση των Τούρκων βρήκε τον ελληνικό στρατό πάνω στη μετακίνηση μονάδων του επειδή ο Κωνσταντίνος διέταξε την αναδιάταξή τους στο μέτωπο. Ο ελληνικός στρατός υποχώρησε στην πίεση των Τούρκων και λίγο αργότερα ηττήθηκε κατά κράτος στη μάχη των Φαρσάλων και μόνο μία ταξιαρχία νίκησε στο Βελεστίνο. Αλλά αυτή η νίκη δεν έφτασε για να σώσει την κατάσταση, καθώς ο ελληνικός στρατός διαλυόταν…
Και οι τουφεκιές δεν άργησαν να πέσουν στην ελληνοτουρκική μεθόριο σε Θεσσαλία και Ήπειρο. Σε λίγες μόνο ημέρες το μέτωπο κατέρρευσε και ο στρατός του έθνους με επικεφαλής τον διάδοχο Κωνσταντίνο και τους πρίγκιπες υποχρεώθηκε σε άτακτη και ταπεινωτική υποχώρηση. Πολύ γρήγορα η Θεσσαλία καταλήφθηκε από τον οθωμανικό στρατό, ο οποίος συνέχισε να επιχειρεί στην περιοχή της Φθιώτιδας. Η εικόνα του καταρρέοντος ελληνικού στρατού προκαλούσε θλίψη και αγανάκτηση. Οι Τούρκοι είχαν φθάσει έξω από τη Λαμία και την απειλούσαν. Την κατάσταση έσωσε η παρέμβαση των Ρώσων και των άλλων Μεγάλων Δυνάμεων.
Ο Παύλος Μελάς από την πρώτη γραμμή της μάχης κατέγραψε σε επιστολή του το αποκαρδιωτικό θέαμα.
«Μακροτάτη σειρὰ ἀνθρωπίνων ὅντων, τὰ ὁποῖα μᾶλλον πρὸς ἀγέλην κτηνῶν ὡμοίαζον διὰ τὸ ἄτακτον τῆς πορείας, ἐφαίνετο βραδέως χωροῦσα διὰ τῆς ἐρήμου πεδιάδος. Οὐδεῖς ἐτόλμησε νὰ σηκώσῃ τὰ βλέμματά του, διότι ὅλοι ἐντρέποντο».
Ο ίδιος ο διάδοχος Κωνσταντίνος σε συνομιλία του με τον υπουργό των Στρατιωτικών απεκάλυψε διάφορες πτυχές της προχειρότητας και του κακού σχεδιασμού της όλης επιχείρησης, οι οποίες είχαν ως αποτέλεσμα την εκδήλωση δυσφορίας από τους στρατιώτες και ως εκ τούτου τη χαλάρωση της στρατιωτικής πειθαρχίας. Ανάμεσα στις πτυχές αυτές ήταν η προβληματική επιμελητεία, που είχε ως αποτέλεσμα τη «μη χορηγία επαρκούς και υγιεινής τροφής», αλλά και η κακή ποιότητα του ιματισμού.
Τα νέα της καταστροφής σύντομα έφθασαν στην πρωτεύουσα. «Οι Τούρκοι επί ελληνικού εδάφους. «Παραφρονώ όταν συλλογίζωμαι την κατάστασιν», σημείωνε ο Παύλος Μελάς. Υπό το βάρος των ταπεινωτικών εξελίξεων, η κυβέρνηση Δηλιγιάννη υποχρεώθηκε να παραιτηθεί, έχοντας προηγουμένως ζητήσει την παρέμβαση των Μεγάλων Δυνάμεων για τη σύναψη ανακωχής. Οι εχθροπραξίες έλαβαν τέλος στις 7 Μαΐου 1897, έχοντας βεβαίως συμπαρασύρει στα τάρταρα το ελληνικό εθνικό γόητρο. Τελικά στις 6 Σεπτεμβρίου υπογράφηκε ειρήνη με επαχθείς, όπως αναμενόταν, όρους. Η Τουρκία για να μας επιστρέψει τη Θεσσαλία ζήτησε πολεμικές αποζημιώσεις. Η Ελλάδα αναγκάστηκε να συνάψει νέο δάνειο ύψους 151,3 εκατομμυρίων χρυσών φράγκων με την εγγύηση των Μεγάλων Δυνάμεων. Η Τουρκία πήρε αποζημιώσεις 93,9 εκατ. χρυσά φράγκα. Τα υπόλοιπα χρησιμοποιήθηκαν για την εξυπηρέτηση των παλαιών χρεών.
Πραγματοποιήθηκε εγκατάσταση Διεθνούς Οικονομικού Ελέγχου (ΔΟΕ), στον οποίο θα παραχωρούνταν στο εξής τα έσοδα από τα μονοπώλια αλατιού, πετρελαίου, σπίρτων, τραπουλόχαρτων, τσιγαρόχαρτων . Ο ΔΟΕ καταργήθηκε το 1978, ύστερα από 81 χρόνια.
Η καταβολή πολεμικής αποζημίωσης στην Πύλη και η συγκρότηση Διεθνούς Επιτροπής με αντικείμενο τον έλεγχο των δημοσίων οικονομικών θεωρήθηκαν πράξεις ατιμωτικές που κηλίδωσαν το εθνικό γόητρο. Ο πόλεμος δεν αποδείχθηκε μόνο «ατυχής», αλλά και «ολέθριος» Το λογαριασμό της ήττας πλήρωσε και η Εθνική Εταιρεία, που τόσα είχε επενδύσει στην πρόκληση του πολέμου. Υπό το βάρος των δραματικών εξελίξεων, η μυστική πατριωτική οργάνωση υποχρεώθηκε να διαλυθεί.