Αναπτύχθηκαν διάφορες θεωρίες σχετικά με αυτήν την δολοφονία και σενάρια βάσει των οποίων πολλοί ήθελαν να φύγει από τη μέση ο Βασιλιάς Γεώργιος Α΄.
Ο Αλέξανδρος Σχινάς ήταν δάσκαλος στο επάγγελμα και παλιότερα είχε υπηρετήσει στην Αγουλινίτσα και την Κατερίνη. Κατόπιν, τον κάλεσαν στην Κλεισούρα μαζί με την αδελφή του, η οποία ήταν επίσης δασκάλα. Εκείνη, όμως, αρνήθηκε να υπηρετήσει μαζί του, με αποτέλεσμα να ακυρωθεί ο διορισμός. Ο Αλ. Σχινάς επέστρεψε στην Αθήνα οικονομικά εξαθλιωμένος και το επόμενο διάστημα αναζητούσε εργασία, χωρίς αποτέλεσμα. Οι κακές συνθήκες διαβίωσης και ο υποσιτισμός τον είχαν κάνει φυματικό. Σε κατάσταση απόγνωσης, απευθύνθηκε για βοήθεια στο Παλάτι, αλλά ο υπασπιστής Φραγκούδης του απάντησε αρνητικά. Σχετικά με τις φήμες που τον συνέδεαν με σοσιαλιστικούς ή αναρχικούς κύκλους του Βόλου, τα στοιχεία είναι αντικρουόμενα. Κάποιες πληροφορίες τον ήθελαν εκδότη περιοδικού με σοσιαλιστικές τάσεις, ενώ αντιθέτως ο ιστορικός Γ. Κορδάτος υποστηρίζει πως «ο Σχινάς ήταν άγνωστος στο Βόλο» («Ιστορία της Νεώτερης Ελλάδας», 5ος τόμος, σελ. 311).
Ο ίδιος ο Αλέξανδρος Σχινάς, αμέσως μόλις συνελήφθη φέρεται να δήλωσε στους αστυνομικούς πως «ἐάν δὲν τὸν ἐσκότωνα, θα σκοτωνόταν από άλλους».
Καθώς, όμως, οι ανακρίσεις προχωρούσαν, ένα «απρόοπτο» γεγονός έκλεισε για πάντα το στόμα του Αλέξανδρου Σχινά: έπεσε από το παράθυρο του ανακριτικού γραφείου και σκοτώθηκε ακαριαία. Οι συνθήκες του θανάτου του παραμένουν ομιχλώδεις. Οι περισσότεροι μελετητές υποστηρίζουν πως ο Αλέξανδρος Σχινάς εκπαραθυρώθηκε από αστυνομικούς, μετά από προσωπική εντολή του Κ. Ρακτιβάν ή του πρίγκιπα Πέτρου, ενώ ορισμένοι άλλοι αναφέρουν ότι, στην πραγματικότητα και παρά την επίσημη ανακοίνωση, ο Αλέξανδρος Σχινάς εκτελέστηκε μυστικά σε κάποιο ερημικό σημείο, έξω από την πόλη. Τα ερωτηματικά γύρω από το θάνατό του μεγάλωσαν και από το γεγονός πως το πτώμα του εξαφανίστηκε και μια πληροφορία πως είχε ταφεί στο νεκροταφείο της Αγίας Παρασκευής αποδείχθηκε ανακριβής.
[…] Ἐκ τῆς ανακρίσεως δεν προέκυψαν στοιχεία ἐπιβαρύνοντα ἄλλα πρόσωπα. Ὁ δολοφόνος εἶνε ἔκφυλος, ἀλήτης, οὐχὶ βεβαίως παράφρων, πάντως ὅμως ἀνισόρροπος ζών δι’ ἐπαιτείας. Πρὸ ἐπταετίας εἰς οὐδεμίαν σχέσιν εὑρίσκετο μετὰ τῆς ἐνταᾶθα ἀδελφῆς του. Ἀφίκετο ἐνταῦθα πρὸ 20 ἡμερῶν ἐξ Ἀθηνῶν, μετὰ ὁλιγοήμερον διαμονὴν ἐν Βόλῳ ὁπόθεν διῆλθε. Εἰς τινὰς πλησιάζοντας αὐτόν τελευταίως ἀνέπτυσσε περιέργους ἱδέας περὶ σοσιαλισμοῦ, ὅτι ὅλοι οἱ ἄνθρωποι, ἐκτὸς ὁλίγων, θὰ εἶνε ἴσοι, ὅτι δὲν θὰ ὑπάρχουσι πλέον πλούσιοι καὶ πτωχοὶ καὶ ὅτι οἱ ἐργάτες θὰ ἐργάζωνται μόνο δύο ὥρας τὴν ἡμέραν. […] Ἔζη εἰς ἐν ἄθλιον χάνι, δίδων δύο γρόσια τὴν ἡμέραν διὰ τὸν ὕπνον του. Δὲν ἔτρωγε παρὰ μόνο γάλα. Εἶχεν ἐγγραφὴ πρὸ ἐτῶν εἰς τὴν Ἰταλικὴν Σχολὴν τοῦ Πανεπιστημίου Ἀθηνῶν, ἀλλὰ δὲν ἐφοίτησε σοβαρῶς. Ἦτο ἀποδιοπομπαίος τράγος εἰς τὴν οἰκογένειάν του […]. Εἰς ὑποβληθείσας εἰς αὐτὸν ἐρωτήσεις ἀπαντὰ μετὰ εἰρωνείας. ‘Τί εἶχες μὲ τὸν Βασιλέα;’ ἐρωτᾶ ὁ ἀνακριτής. ‘Πρὸ δύο ἐτῶν’, ἀπήντησε, ‘ὑπέβαλα μίαν ”αναφοράν εἰς τὸ Παλάτι ζητών βοήθεια καὶ ὁ ὑπασπιστὴς μὲ ἐξεδίωξε μὲ τρόπον βάναυσον.’
Μετά τις πρώτες εβδομάδες η υπόθεση ήταν ιδιαζόντως σοβαρή. Την κρισιμότητα της κατάστασης υπογράμμισε και το γεγονός ότι η Βασίλισσα Όλγα επισκέφθηκε δύο ή τρεις φορές τον Αλέξανδρο Σχινά στο κελί του. Σύμφωνα με τις μαρτυρίες αυτοπτών μαρτύρων, μετά την τελευταία επίσκεψή της βγήκε από το κελί συντετριμμένη. Πολλοί εκτιμούν ότι ο Αλέξανδρος Σχινάς της είχε αποκαλύψει τους ηθικούς αυτουργούς της δολοφονίας. Η Όλγα δεν μίλησε σε κανέναν για το περιεχόμενο των συνομιλιών της με τον δράστη, παρά μόνο στον πρίγκιπα Ανδρέα, ο οποίος όμως ποτέ δεν τοποθετήθηκε ανοικτά για το θέμα αυτό. Ωστόσο, ορισμένοι αξιωματικοί που υπηρετούσαν στη μεραρχία του, τον είχαν ακούσει αργότερα να οικτίρει τους Αυστριακούς ως δολοφόνους του πατέρα του.
Γράφει ο Γ. Κορδάτος: «… Είπε ότι στην αρχή, παρ’ όλο το ξύλο που έφαγε ο Σχινάς (σ.σ.: από τους αστυνομικούς), δεν έβγαλε τσιμουδιά, αλλά μια-δυο μέρες ύστερα, άρχισε να κάνει διάφορους υπαινιγμούς. Ενοχοποιούσε πράχτορες Γερμανούς και μάλιστα τον Γερμανό πρεσβευτή. Αλλά δεν προχωρούσε, αν και έλεγε πως υπάρχουν και άλλα πιο σπουδαία, πιο τρανά και πιο υψηλά πρόσωπα. […] Ο Σχινάς δεν ήταν μανιακός κι ανισόρροπος. Ίσα-ίσα τα είχε τετρακόσια και, όπως διαπιστώθηκε, έκανε ταξίδια στην Γερμανία και την Αυστρία. Η δολοφονία οργανώθηκε στο Βερολίνο ή στη Βιέννη» Επίσης, σύμφωνα με τον Γ. Κορδάτο, ο Β Κανταρές δήλωνε για το θέμα: «Είμαι βέβαιος ότι ο Σχινάς δεν αυτοκτόνησε. Τον έριξε από το παράθυρο του διοικητηρίου ανώτατος αξιωματικός της χωροφυλακής ύστερα από τις ανακοινώσεις που έκανε στη βασίλισσα Όλγα. […] Όταν έφυγε η βασίλισσα, δεν πέρασε πολλή ώρα και ο πρίγκιπας Νικόλαος μου ζήτησε τη δικογραφία» (Ιστορία της Νεώτερης Ελλάδας).
Αλλά και η αφήγηση του στρατηγού Λεωνίδα Παρασκευόπουλου στις «Αναμνήσεις» του, σχετικά με μια συνάντηση που είχε, μετά τη δολοφονία, με τον πρίγκιπα Νικόλαο, είναι εξαιρετικά ενδιαφέρουσα: «Ἡ θλίψις μου ἐκ τῆς ἀναμνήσεως τοῦ θανόντος πατρός του» αναφέρει ο Λ. Παρακευόπουλος «ἦτο ἀκόμα ζωηρά, ὅπως ἐπίσης ζωηρὰ ἦσαν τὰ κατὰ τῆς Γερμανίας αἰσθήματά του, τὰ ὁποῖα συνεμερίζετο μὲ τὸν πατέρα του. Εἰς τὰς πρώτας μου λέξεις, ἂς τοὺς ἀπηύθυνα ἵνα τὸν συλλυπηθῶ καὶ ἀποδοκιμάσω τον, ὡς ἐνόμιζον ἀναρχικόν, δολοφόνον Σχινάν, δακρύων διεμαρτυρήθη ζωηρότατα καὶ μοῦ ἐτόνισεν ὅτι ἡ δολοφονία τοῦ Βασιλέως δὲν εἶναι ἔργον των ἀναρχικῶν, ἀλλ’ ἔργον πολιτικῶν ἐξωτερικῶν συμφερόντων». «Ἡ ἀνάμιξις τῆς ἀειμνήστου Βασιλίσσης Ὅλγας […] εἶναι σαφὴς ἀπόδειξις ὅτι εὐθὺς ἀμέσως εἰσέδυσεν εἰς τὸ πνεῦμα της ἡ ὑπόνοια ὅτι οἱ ἠθικοὶ αὐτουργοί του ἐγκλήματος εὑρίσκοντο πιθανώτατα ἐνταύθα καὶ ἦσαν πρόσωπα ἰσχυρὰ πρὸ τῶν ὁποίων θὰ ἐκάμπτετο καὶ θὰ ἔκυπτεν ἡ δικαιοσύνη. Πρὸς διαλεύκανσιν τοῦ μυστηρίου ἡ ἀξιοπρεπὴς καὶ ἀγέρωχος Βασίλισσα, δὲν ἐδίστασε νὰ εἰσδύσῃ μέχρι καὶ αὐτοῦ τοῦ ἀθλίου δωματίου τῆς εἰρκτῆς καὶ νὰ ἀντικρίζῃ κατὰ μόνας τὸν ἀπαίσιον δολοφόνον τοῦ πεφιλημένου συζύγου της» θα παρατηρήσει, αργότερα, ο Λ. Παρασκευόπουλος.
Ο στρατηγός Θ. Πάγκαλος, στα «Απομνημονεύματά» του, σημειώνει για το θέμα: «[…] Ὁ Βασιλεὺς Γεώργιος ὁ Α’ ἔτρεφε πραγματικὴν ἀντιπάθειαν πρὸς τὸν Γερμανὸν Αὐτοκράτορα καὶ ἦτο ἔνθερμος θιασώτης τῆς Ἀγγλικῆς πολιτικῆς. […] Διεδόθη τότε ὅτι ἐπρόκειτο (σ.σ.: ο Αλ. Σχινάς) περὶ ἀναρχικοῦ καὶ ἀνισόρροπου, ἀλλὰ φαίνεται ὅτι τοῦτο δὲν ἦτο ἀληθές… Ὁ διευθύνων τότε τὰς ἀνακρίσεις, Κανταρές, προσωπικός φίλος μου, μοῦ ἐβεβαίωσεν ἐπίσης τὴν ἀκρίβειαν τῶν ἀνωτέρω καὶ μοῦ ἐξέφρασε τὴν πεποίθησί του ὅτι ὁ Σχινάς δὲν ἦτο ἀνισόρροπος οὔτε ἀναρχικός, ἀλλ’ ὅτι ὑπῆρξεν ὄργανον ἀνθρώπων οἱ ὁποῖοι ἐνήργουν πρὸς ἐξυπηρέτησιν τῶν συμφερόντων ξένης δυνάμεως, ἡ ὁποῖα εἶχε συμφέρον νὰ θέσῃ ἐκ ποδῶν τὸν ἀείμνηστον Βασιλέα Γεώργιον, οὔτινος ἦσαν γνωστὰ τὰ θερμὰ ὑπὲρ τῆς Ἀγγλίας αἰσθήματα. […] ἔχει τὸ δικαίωμα πᾶς τις νὰ ἐξαγάγῃ τὸ συμπέρασμα ὅτι ὁ ἀείμνηστος Βασιλεύς ἔπεσε θύμα των ἐν τῇ Βαλκανικῇ βλέψεων τῆς Γερμανίας».
Ο τότε Νομάρχης Θεσσαλονίκης Περικλής Αργυρόπουλος διατύπωσε την άποψη ότι η Γερμανία και Αυστρία είχαν προγράψει τον βασιλιά! Το Βερολίνο, με ψυχρό υπολογισμό, επιθυμούσε να εκλείψει ο αγγλόφιλος Γεώργιος και να ανέβει στον ελληνικό θρόνο ο Κωνσταντίνος, ο γαμπρός του Κάιζερ Γουλιέλμου. Επίσης προξενεί εντύπωση το γεγονός ότι ο υπασπιστής του βασιλιά Γεώργιος Φραγκούδης, μπροστά στα μάτια του οποίου έγινε η δολοφονία και ο οποίος με τα ίδια του τα χέρια συνέλαβε τον δολοφόνο, δεν κλήθηκε ποτέ από τον ανακριτή για να καταθέσει, ενώ εξετάστηκαν οι χωροφύλακες συνοδοί του!
Μετά τον θάνατο του Αλέξανδρου Σχινά, το τελευταίο στοιχείο που απέμενε και θα μπορούσε να οδηγήσει στους ηθικούς αυτουργούς -οι φάκελοι με το ανακριτικό υλικό- καταστράφηκε ολοσχερώς. Εκείνη την εποχή διαδόθηκε πως οι φάκελοι κάηκαν το 1914 όταν στο ατμόπλοιο «Ελευθερία», με το οποίο μεταφέρονταν στην Αθήνα, εκδηλώθηκε πυρκαγιά. Αν και η πληροφορία δεν επιβεβαιώνεται από κανέναν έγκυρο ερευνητή ή ιστορικό, είναι βέβαιο ότι, σε κάθε περίπτωση, όλα τα σχετικά με τη δολοφονία έγγραφα εξαφανίστηκαν και έτσι χάθηκε κάθε αξιόπιστο στοιχείο που θα μπορούσε να διαλευκάνει την υπόθεση.
