Το ελληνικό ναυτικό αποδείχθηκε το πανίσχυρο όπλο των Βαλκανικών πολέμων. Με τις ιστορικές ναυμαχίες της Έλλης και της Λήμνου με επικεφαλής το θρυλικό θωρηκτό «Αβέρωφ», όχι μόνο εξασφαλίστηκε η κυριαρχία στο Αιγαίο αλλά εξανάγκασε τον Τουρκικό Στόλο να μείνει αποκλεισμένος στα Δαρδανέλια μέχρι το τέλος του Πολέμου.
Ο ναύαρχος Κουντουριώτης, κυβερνήτης του θρυλικού «Αβέρωφ» με μια τολμηρή και επιδέξια κίνηση κατέλαβε σχεδόν από τις πρώτες μέρες του πολέμου τη Λήμνο, μετέτρεψε τον όρμο του Μούδρου σε ναυτική βάση και από εκεί έλεγχε το βόρειο Αιγαίο. Εγκλώβισε τον τουρκικό στόλο στα Δαρδανέλια όπου και τον κατέστησε ανενεργό για ικανό χρονικό διάστημα. Μαζί με τη Λήμνο απελευθέρωσε την Ίμβρο και την Τένεδο. Ελληνικές δυνάμεις αποβιβάστηκαν στην Χίο και τη Μυτιλήνη και κατέλαβαν τις πρωτεύουσες τους.
Σε κλίμα συγκίνησης απελευθερώθηκαν και τα Ψαρά από το πλοίο «Ιέραξ» με κυβερνήτη τον Βρατσάνο, εγγονό του Αντώνη Βρατσάνου που είχε ανατιναχτεί στον αέρα το 1822 με την καταστροφή των Ψαρών. Η αντίδραση του τουρκικού στόλου άργησε πολύ. Μετά τις 20 Νοεμβρίου και αφού είχε προηγηθεί μια εύθραυστη συνθήκη εκεχειρίας μεταξύ των τριών χωρών των Βαλκανίων (η Ελλάδα δεν συμμετείχε γιατί ήθελε να προελάσει προς την Ήπειρο) και της Τουρκίας. Τότε βρήκε την ευκαιρία ο Οθωμανικός στρατός και στόλος να ανασυνταχθούν.
Στις 3 Δεκεμβρίου 1912 ξεκίνησε η ναυμαχία της Έλλης και της Λήμνου. Αντιπαρατάχθηκαν τα τουρκικά σκάφη «Χαϊρεντίν Μπαρμπαρόσα», «Τουργκούτ Ρέις», «Μεσουδιέ» και «Ασάρ Τεφίκ» με τα ελληνικά «Αβέρωφ», «Ύδρα», «Σπέτσες» και «Ψαρά». Αντήλλασσαν πυρά από απόσταση χωρίς κανένα αποτέλεσμα. Ο Κουντουριώτης με το «Αβέρωφ» αποχώρησε από τον σχηματισμό και κατευθύνθηκε προς τα τουρκικά πλοία τα οποία αναγκάστηκαν σε υποχώρηση προς τα Στενά (Δαρδανέλια) με την κάλυψη από τα φρούρια των Οθωμανών στη στεριά.
Οι Τούρκοι επιτελείς αντεπιτέθηκαν μετά από περίπου έναν μήνα. Το «Χαμιδιέ» έσπασε τον αποκλεισμό, μια μέρα με πολύ άσχημο καιρό και έφτασε ως τη Σύρο που βύθισε το ελληνικό βοηθητικό πλοίο «Μακεδονία». Το σχέδιο των Τούρκων ήταν να προκαλέσουν διασπορά των ελληνικών πλοίων μετά τη βύθιση του «Μακεδονία». Όμως ο έμπειρος Κουντουριώτης δεν έπεσε στην παγίδα τους και κράτησε τον στόλο ενωμένο. Έτσι όταν τα τουρκικά πολεμικά, στις 5 Ιανουαρίου 1913, εφόρμησαν προς τη Λήμνο βρήκαν αρραγή τον ελληνικό στόλο.
Οι ελιγμοί του «Αβέρωφ» ουσιαστικά κύκλωσαν τα τουρκικά πλοία. Ο ίδιος ο Κουντουριώτης στεκόταν ακάλυπτος στην εξωτερική γέφυρα για να εμψυχώνει το πλήρωμά του. Όταν μπλόκαραν τα κανόνια του θωρηκτού έδωσε εντολή για “ πρόσω ολοταχώς”. Οι Τούρκοι τα έχασαν βλέποντας το «Αβέρωφ» να ετοιμάζεται να εμβολίσει το «Χαϊρεντίν Μπαρμπαρόσα».
Ο ελληνικός στόλος, υπό τη συνετή διοίκηση του Κουντουριώτη οδήγησε τα τουρκικά στα στενά με βλάβες μεγαλύτερες από όσες είχαν υποστεί τα ελληνικά πλοία. Έτσι ο Οθωμανικός στόλος έμεινε άπραγος μέσα στα Στενά για μεγάλο χρονικό διάστημα.
Η ναυμαχία της «Έλλης», όπως ονομάστηκε, αφού έλαβε χώρα στο στόμιο του Ελλησπόντου, έληξε με νίκη του ελληνικού στόλου. Ήταν η πρώτη φορά που κατίσχυε του τουρκικού μετά από την ελληνική επανάσταση (δεν υπήρξαν ναυτικές συγκρούσεις κατά τον πόλεμο του 1897) και αν και κανένα πλοίο δεν βυθίστηκε, η τακτική νίκη ήταν ξεκάθαρα ελληνική.
Το ιστορικό σήμα του ναυάρχου Παύλου Κουντουριώτη.
«Μὲ τὴν δύναμιν τοῦ Θεοῦ, τὰς εὐχὰς τοῦ Βασιλέως μας
καὶ ἐν ὀνόματι τοῦ Δικαίου, πλέω μεθ’ ὁρμῆς ἀκαθέκτου καὶ
μὲ τὴν πεποίθησιν τῆς νίκης ἐναντίον τοῦ ἐχθροῦ τοῦ Γένους»