Από το έτος 1895 άρχισε η αποστολή από τη Βουλγαρία στη Μακεδονία ομάδων ένοπλων κομιτατζήδων. Αυτές αμέσως ανέλαβαν έντονη δράση, κυρίως στη Βόρεια και Ανατολική Μακεδονία, με βασικό στόχο την αποδυνάμωση του Ελληνισμού.
Για την εξαπάτηση μάλιστα των πληθυσμών, το Βουλγαρικό Κομιτάτο εμφανιζόταν με δύο μορφές (οργανώσεις), κατευθυνόμενες από τη Σόφια. Η πρώτη, ως αγωνιζόμενη για τη δημιουργία ανεξάρτητης Μακεδονίας, και η δεύτερη, για την άμεση προσάρτηση της Μακεδονίας στη Βουλγαρία.
Η πρώτη μορφή του Κομιτάτου αρχικά χρησιμοποιούσε το σύνθημα «Η Μακεδονία δια τους Μακεδόνες». Αυτή καλούσε τους Έλληνες, Σέρβους, Βουλγάρους, Αλβανούς, Βλάχους και Τούρκους να γίνουν μέλη του. Η δεύτερη μορφή Κομιτάτου εμφανιζόταν απροκάλυπτα ως Βουλγαρικό.
Κατά τα έτη 1897 -1899, η δράση των κομιτατζήδων εντάθηκε σε ολόκληρη τη Μακεδονία, με κύρια χαρακτηριστικά τους διωγμούς και την καταπίεση των Ελλήνων, ακόμα και την κατασυκοφάντησή τους στις Τουρκικές Αρχές. Την περίοδο αυτή, μόνο στην περιοχή Θεσσαλονίκης, δολοφονήθηκαν 40 Έλληνες πρόκριτοι υπό τα αδιάφορα όμματα των Τούρκων. Οι βουλγαρικές θηριωδίες συνεχίστηκαν και κατά τα επόμενα έτη, και ο Άγγλος Πρόξενος Θεσσαλονίκης, σε έκθεσή του κατά το 1902, έγραφε: «Η δολοφονία είναι το κυριότερο όπλο των κομιτάτων. Δεν υποχωρούν προ ουδενός. Οι Έλληνες είναι κυρίως τα θύματά των. Κατά χιλιάδας εφονεύθησαν Έλληνες κατά τα τελευταία 6 έτη».
Στις 20 Ιουλίου 1903, ημέρα του Προφήτη Ηλία, το βουλγαρικό κομιτάτο κηρύσσει την επανάσταση του Ηλί Ντέν (δηλαδή «Ηλιού ημέρα»), η οποία, στην πράξη, αποτελούσε σειρά τρομοκρατικών ενεργειών κομιτατζήδων, άριστα εξοπλισμένων. Επρόκειτο για μία ψευδοεξέγερση απελευθερωτικού δήθεν χαρακτήρα, στην οποία παρασύρθηκαν και πολλοί Έλληνες αγρότες. Η βουλγαρική προπαγάνδα φρόντισε να παρουσιάσει, στο εξωτερικό, την ψευδεξέγερση αυτήν ως καθολική επανάσταση των χριστιανών της Μακεδονίας. Ακολούθησε επέμβαση του τουρκικού Στρατού για την καταστολή της, με βαριές συνέπειες, κυρίως κατά των Ελλήνων και των χωριών τους.
Οι αγριότητες και καταστροφές, που διαπράχτηκαν από τον Τουρκικό Στρατό, προκάλεσαν την επέμβαση των Μ. Δυνάμεων. H Μακεδονία διαιρέθηκε σε 5 ζώνες, ενώ η επίβλεψη της καθεμιάς ανατέθηκε σε μία Ευρωπαϊκή Δύναμη. Το πρόγραμμα αυτό κανένα θετικό στοιχείο δεν είχε να προσφέρει στον Ελληνισμό. Αντίθετα, το βουλγαρικό κομιτάτο αύξησε τις διώξεις εναντίον των Ελλήνων και, το σοβαρότερο, εξαγόραζε τους ξένους αξιωματικούς που διεύθυναν ολόκληρα διαμερίσματα και ασκούσαν έλεγχο στην τουρκική χωροφυλακή. Με την αποτρόπαια δράση του κομιτάτου, μέχρι το 1904, οι Βούλγαροι είχαν επιτύχει την υπαγωγή στην Εξαρχία 130 ελληνικών κοινοτήτων. Ο Ελληνισμός των περιφερειών Μοναστηριού και Θεσσαλονίκης τελούσε υπό συνεχή τρομοκρατία. Οι κομιτατζήδες αποθρασύνθηκαν τελείως και άρχισαν να εισδύουν και να περισφίγγουν τις περιοχές Βέροιας, Νάουσας και Καστοριάς.
Κατά τα πρώτα βήματα της βουλγαρικής δράσεως, η Ελλάδα παρέμεινε αμέτοχη, γιατί ήταν στρατιωτικά ανοργάνωτη και φοβόταν πόλεμο εναντίον της από την Τουρκία. Η «Εθνική Εταιρεία», που συστάθηκε με πρωτοβουλία της στην Αθήνα, συγκρότησε και έστειλε στη Μακεδονία από το 1896, για την τόνωση του φρονήματος του Ελληνισμού, 8 μικρά ανταρτικά σώματα, τα οποία σημείωσαν σοβαρή δράση.
Η Κρητική Επανάσταση του 1896 και ο Ελληνοτουρκικός Πόλεμος του 1897 αποθάρρυναν κάθε σοβαρή ενέργεια από την Ελεύθερη Ελλάδα. Στη Μακεδονία μόνο η Εκκλησία και το Σχολείο παρέμειναν ως πόλοι συσπειρώσεως και τονώσεως του Ελληνισμού.
Οι πρώτες εκδηλώσεις ενεργού άμυνας άρχισαν από το 1902, στην περιοχή Καστοριάς, με πρωτοβουλία του μητροπολίτη Καστοριάς Γερμανού Καραβαγγέλη.