Tο Μέγα Σάββατο 1 Απριλίου 1822 τα τουρκικά στίφη στράφηκαν κατά της Μονής του Αγίου Μηνά, αλλά δεν μπόρεσαν να το εκπορθήσουν. Αποσύρθηκαν τη νύχτα μετρώντας αρκετές απώλειες, με σκοπό να ανασυνταχθούν και να ζητήσουν ενισχύσεις. Η νύχτα του Μεγάλου Σαββάτου προς Κυριακή του Πάσχα 2 Απριλίου 1822 προχωρούσε αγωνιώδης. Η αναστάσιμη Θεία Λειτουργία που τελούσε ο ιεροκήρυκας της Μητρόπολης παπα-Ιάκωβος Μαύρος διεκόπη από τους αλαλαγμούς των Τούρκων. Όλοι οι αγωνιστές έπεσαν μαχόμενοι και μετά ξεκίνησε η σφαγή.
Όσοι Χριστιανοί δεν κατάφεραν να μπουν στο Καθολικό της Μονής, σφαγιάστηκαν, πυρπολήθηκαν ή αιχμαλωτίστηκαν. Μέσα στον ναό ήταν τόσος ο συνωστισμός που οι Τούρκοι δεν μπορούσαν να ανοίξουν την πόρτα. Αφού ξήλωσαν ένα μέρος της στέγης, έριξαν αναμμένα στουπιά και τους έκαψαν όλους ζωντανούς. Τον ηγούμενο Θεοδόσιο Λουφάκη ανασκολώπησαν στον ιστό της Αναστάσεως, ενώ ολοκαυτώθηκε ο ιερομόναχος Θεοδόσιος Κουμάκης. Τον παπα-Ιάκωβο Μαύρο που αρνήθηκε να προσκυνήσει το Κοράνιο, αφού τον βασάνισαν, τον θανάτωσαν χτυπώντας τον με χατζάρι στο κεφάλι. Το ίδιο έκαναν και στη δεξαμενή του μοναστηριού, ενώ στη συνέχεια ακολούθησε εμπρησμός. Τους μοναχούς της Μονής, αφού τους βασάνισαν, τους θανάτωσαν. Το αίμα και οι σάρκες των σφαγιασθέντων πότισαν το δάπεδο του καθολικού της Μονής και άφησαν ανεξίτηλα τα σημάδια τους μέχρι σήμερα. Ο επισκέπτης μπορεί να διακρίνει καθαρά στίγματα αίματος που σχηματίζουν το περίγραμμα ενός παιδιού, το αποτύπωμα του πέλματός του, καθώς και ίχνη κομμένων κεφαλιών. Επισκέπτες και ξένοι περιηγητές αναφέρουν ότι ανθρώπινα οστά ήταν διάσπαρτα γύρω από το μοναστήρι και το λόφο για πολλές δεκαετίες.
Ο σημερινός επισκέπτης μπορεί να δει στο ιερό Οστεοφυλάκιο της Μονής, στο ναΰδριο των Αγίων Τεσσαράκοντα Μαρτύρων, τα οστά που κατάφεραν να συγκεντρώσουν οι κάτοικοι, καθώς και το μισό τμήμα της πόρτας της εισόδου του Μοναστηριού, διάτρητο από τα βλήματα των εχθρών.
Μετά την καταστροφή τη Μονή επάνδρωσαν τρεις μοναχοί, οι οποίοι αφοσιώθηκαν στο δύσκολο έργο της αποκατάστασης των καταστροφών (το έτος 1833), ενώ το 1879 χτίζεται το οστεοφυλάκιο στο οποίο εναπόκεινται οστά σφαγιασθέντων.. Σήμερα, το μοναστήρι του Αγίου Μηνά είναι ένα μεγάλο παγχιακό προσκύνημα. Κάθε χρόνο, την Τρίτη της Διακαινησίμου, τιμώνται τα θύματα της σφαγής. Εκδήλωση τιμής γίνεται και στις 11 Νοεμβρίου, την ημέρα που γιορτάζει ο Ναός και μαζί όλη η Χίος την ελευθερία της.
Ξεναγούμαι στη Μονή Αγίου Μηνά: