2. Η Πρώτη Πατριαρχία (1797-1798)
Ανέλαβε τον Πατριαρχικό Θρόνο Κωνσταντινουπόλεως στις 9 Μαϊου 1797 ως Γρηγόριος Ε΄ ως τις στις 19 Δεκεμβρίου 1798 όπου και εκθρονίστηκε (τυπικά παραιτήθηκε) και εξορίστηκε αρχικά στη Χαλκηδόνα και μετά από μερικούς μήνες στη Δράμα και τη Μονή Παναγίας Εικοσιφοινίσσης. Κατέληξε στη Μονή Ιβήρων του Αγίου Όρους, όπου και παρέμεινε επί μια επταετία. Κατά τη διάρκεια της παραμονής του στο Άγιο Όρος, ο Γρηγόριος επιδόθηκε στη μελέτη ιερών κειμένων και επισκεπτόμενος τις διάφορες Μονές δίδασκε τους μοναχούς, παρακολουθώντας όμως και τα διάφορα γεγονότα που συνέβαιναν τόσο στην Ευρώπη όσο και στη Κωνσταντινούπολη που διαμόρφωναν νέες εξελίξεις.
3. Η Δεύτερη Πατριαρχία (1806-1808)
Στις 24 Σεπτεμβρίου του 1806 η Ιερά Σύνοδος της Εκκλησίας της Κωνσταντινούπολης επανεξέλεξε ομόφωνα Πατριάρχη τον Γρηγόριο Ε΄, ο οποίος και επέστρεψε στη Κωνσταντινούπολη στις 18 Οκτωβρίου 1806, γενόμενος δεκτός με λαϊκό ενθουσιασμό. Και αυτή όμως η πατριαρχία υπήρξε δυσχερέστατη. Ένας νέος Ρωσοτουρκικός πόλεμος το 1807 και οι γενικές πολιτικές εξελίξεις προκάλεσαν πολλές συνέπειες στη δράση του Πατριάρχη. Ο Σουλτάνος ανάγκασε και τον πατριάρχη Γρηγόριο Ε΄ να εκδώσει προς όλους τους Έλληνες «εκκλησιαστικόν και συμβουλευτικόν γράμμα» (αντίστοιχο με φετφά) στη δημοτική γλώσσα εναντίον των Ρώσων, συνιστώντας παράλληλα τυφλή υποταγή στον Σουλτάνο. Πράγματι ο Πατριάρχης υπάκουσε στη σουλτανική εντολή και καλούσε τους Έλληνες να αποφύγουν κάθε σύμπραξη με τους Ρώσους.
Στις 10 Σεπτεμβρίου (1808), αναγκάσθηκε σε νέα παραίτηση οπότε και απομακρύνθηκε στη Μονή Μεταμόρφωσης στην Πρίγκηπο και μετά ένα έτος και πάλι στο Άγιο Όρος. Και κατά τη δεύτερη εξορία του στο Άγιο Όρος ο Γρηγόριος ο Ε΄ επιδόθηκε στις εκεί προσφιλείς του πνευματικές ασκήσεις και μελέτες επί εννέα χρόνια. Από το ερημητήριό του όμως δεν έπαψε να παρακολουθεί τα δρώμενα της Εκκλησίας και του Γένους.
Περί τα μέσα του 1818 τον επισκέφθηκε ο Ιωάννης Φαρμάκης και του ανακοίνωσε τα σχετικά με τη Φιλική Εταιρεία. Μάλιστα, όπως ο ίδιος ο Φαρμάκης αφηγείται «ο πατριάρχης έδειξεν ευθύς ζωηρότατον ενθουσιασμόν» και «ηυχήθη από καρδίας» υπέρ της επιτυχίας του σκοπού της Εταιρείας. Αρνήθηκε όμως να δώσει τον σχετικό όρκο, λέγοντάς του «εμένα μ΄ έχετε που μ΄ έχετε», επικαλούμενος ως κληρικός αδυναμία να ορκιστεί, προσθέτοντας ότι ο όρκος μπορούσε να βλάψει, διότι αν εμφανισθεί το όνομα του Πατριάρχη στα βιβλία της Εταιρείας και αποκαλυφθούν αυτά στη συνέχεια τότε «θέλει κινδυνεύσει ολόκληρον το έθνος, του οποίου καίτοι εξόριστος προείχε πάντοτε». Τέλος δε της συνομιλίας εκείνης ο πατριάρχης συμπλήρωσε: «να προσέξωσι πολύ οι Εταίροι, μήπως βλάψωσιν αντί να ωφελήσωσι την Ελλάδα».
«Εξήγησις των κατά πάσαν Κυριακήν αναγνωσμάτων […] Μεταφρασθέντων εκ των θείων πονημάτων του εν Αγίοις Πατρός ημών Ιωάννου του Χρυσορρήμονος». Πατριαρχικό Τυπογραφείο (1807).
Τη μετάφραση στη δημώδη γλώσσα εκπόνησε ο άγιος Γρηγόριος Ε΄ « […] εστοχάσθημεν ωφέλιμον εις τους χριστιανούς να μεταφράσωμεν εις την κοινήν διάλεκτον, καθώς τα εξηγεί ο Πατήρ απαράλλακτα.» (Από την εισαγωγή του έργου).
4. Η Τρίτη Πατριαρχία (1818-1821)
Ο Γρηγόριος Ε΄, εξελέγη για τρίτη φορά Πατριάρχης, ο οποίος επέστρεψε στην Κωνσταντινούπολη από το Άγιο Όρος στις 19 Ιανουαρίου 1819 και ανέλαβε καθήκοντα. Πρώτη ενέργειά του υπήρξε τότε η δημιουργία του φιλανθρωπικού ιδρύματος «Κιβώτιον του Ελέους» για την οικονομική βοήθεια των πτωχών και την αποφυλάκιση κρατουμένων για χρέη. Παράλληλα μερίμνησε για την ενίσχυση των νοσοκομείων με οικονομικές εισφορές από τους ναούς, καθώς και για το κήρυγμα του Θείου Λόγου καλώντας προς τούτο στην Κωνσταντινούπολη τον διαπρεπή τότε εκκλησιαστικό ρήτορα Κωνσταντίνο Οικονόμου.
Επειδή υπήρχε ανάγκη μεταρρύθμισης των διδασκομένων στις σχολές μαθημάτων, ο Γρηγόριος Ε΄ εξέδωσε τον περίφημο συνοδικό τόμο «Περί των Ελληνομουσείων» προτρέποντας την μόρφωση των Ελλήνων στη σπουδή της ορθής ελληνικής γλώσσας, σημειώνοντας: «…και να μη προτιμώσι μαθήματα, δι ών εγεννάτο αδιαφορία και ψυχρότης προς τας εκκλησιαστικάς διατάξεις και προς την αμώμητον ημών πίστιν». Η έκδοση της παραπάνω «εγκυκλίου» εναντίον των Διαφωτιστών οδήγησε στο κλείσιμο σχολείων της Σμύρνης, των Κυδωνιών, της Χίου και της Μυτιλήνης (Ιησουϊτικών) Τον επόμενο χρόνο, (1820) αναμόρφωσε το «Πατριαρχικόν Τυπογραφείον», το οποίο είχε ιδρύσει ο ίδιος και το οποίο εξέδιδε πολλά συγγράμματα.
