Η καταστροφή της Νάουσας (ή Ολοκαύτωμα της Νάουσας) ήταν το αιματηρό αποτέλεσμα της επανάστασης της πόλης, το οποίο έλαβε χώρα αρχές του 1822. Προηγήθηκαν σκληρές μάχες γύρω από την πόλη καθώς και η πολιορκία της Νάουσας 15 περίπου ημερών από τον Τούρκο βαλή της Θεσσαλονίκης, Μεχμέτ Αμπντούλ Εμπού Λουμπούτ. Ακολούθησε η εισβολή του τουρκικού στρατού στην πόλη, που προκάλεσε την ολοκληρωτική καταστροφή του οικισμού, καθώς και τη σφαγή και αιχμαλωσία του συνολικού πληθυσμού.
Ισχυρός άντρας της Νάουσας ήταν ο Ζαφειράκης Θεοδοσίου Λογοθέτης που στο τέλος του 1820 μυήθηκε στην Φιλική Εταιρεία. Αυτός μαζί με τους αρματολούς της περιοχής Αναστάσιο Καρατάσο και Αγγελή Γάτσο, ήρθε σε συνεννόηση με τους αρματολούς του Ολύμπου, αλλά και με τον ίδιο τον Δημήτριο Υψηλάντη στην Πελοπόννησο και άρχισε να προετοιμάζει την Νάουσα για τη συμμετοχή της στην επανάσταση.
Βέβαια η Επανάσταση στην Μακεδονία είχε ήδη ξεσπάσει πρώτα στην Χαλκιδική. Μάλιστα, τον Οκτώβριο του 1821, κι ενώ ο οθωμανικός στρατός προσπαθούσε να καταλάβει την Κασσάνδρα, στη Μονή του Αγίου Διονυσίου Ολύμπου πραγματοποιείται μία σύσκεψη οπλαρχηγών και προκρίτων της Κεντρικής και Δυτικής Μακεδονίας, οι οποίοι ήδη βρίσκονταν σε επικοινωνία με τον απεσταλμένο τους Νικόλαο Κασομούλη στη Νότια Ελλάδα. Καθώς όμως στην περιοχή του Ολύμπου και του Βερμίου η επανάσταση προετοιμαζόταν, από το τέλος του έτους 1821 οι Τούρκοι αποφάσισαν να πάρουν αυστηρά προληπτικά μέτρα για να την αποτρέψουν.
Τον Ιανουάριο του 1822, βαλής της Θεσσαλονίκης Εμπού Λουμπούτ, με πρόσχημα συνάντηση με προεστούς, φυλάκισε ως ομήρους μέλη από τις σημαντικότερες οικογένειες των πόλεων της Δυτικής Μακεδονίας. Αρκετοί όμως, ανάμεσά τους οι οπλαρχηγοί Αναστάσιος Καρατάσος και Αγγελής Γάτσος καθώς και ο ισχυρότατος πρόκριτος της Νάουσας Ζαφειράκης Θεοδοσίου Λογοθέτης αρνήθηκαν, προβάλλοντας διάφορες προφάσεις, να προσέλθουν. Έχοντας όμως εκτεθεί με αυτή τους την πράξη, αποφάσισαν να κηρύξουν την επανάσταση, μετά από συσκέψεις στη Μονή Παναγίας Δοβρά.
Για την ακριβή ημερομηνία κήρυξης της επανάστασης στη Νάουσα υπάρχουν διάφορες απόψεις. Επικρατέστερη άποψη είναι ότι η κήρυξη της επανάστασης έλαβε χώρα την 22η Φεβρουαρίου 1822, Κυριακή της Ορθοδοξίας.
Παρ’ όλες τις διαφορετικές απόψεις σχετικά με την ημέρα της κήρυξης της επανάστασης, όλοι συμφωνούν ότι η κήρυξη έγινε στον μητροπολιτικό ναό του Αγίου Δημητρίου, όπου συγκεντρώθηκε μεγάλο πλήθος οπλισμένων και άοπλων Ελλήνων και τελέστηκε πανηγυρική δοξολογία και ορκωμοσία των αγωνιστών.
Ο βαλής της Θεσσαλονίκης, Εμπού Λουμπούτ, ανέλαβε ο ίδιος την ηγεσία της επίθεσης εναντίον της Νάουσας, επικεφαλής 20.000 ανδρών, από τους οποίους οι μισοί τουλάχιστον ήταν τακτικός στρατός και οι υπόλοιποι άτακτοι. Την πόλη υπεράσπιζαν 4.000 – 5.000 επαναστάτες.
Μετά από πολλές μάχες στις γύρω περιοχές, στις αρχές Απριλίου άρχισε η πολιορκία. Ύστερα από πολλές αποτυχημένες προσπάθειες και σκληρή αντίσταση των Ναουσαίων, οι Τούρκοι καταφέρνουν να μπουν στη Νάουσα, μετά από γενική επίθεση και σφοδρό κανονιοβολισμό των ελληνικών θέσεων.
Ο Ζαφειράκης με τον Γ. Καρατάσο, τον Διαμαντή Νικολάου και 500 ή και περισσότερους συντρόφους τους, αμύνθηκαν για 3 μέρες, κλεισμένοι στον Πύργο του Ζαφειράκη, στα νοτιοδυτικά της πόλης, διευκολύνοντας την φυγή πολεμιστών και γυναικοπαίδων, αφού με την αντίστασή τους στον πύργο καθυστερούσαν τους Τούρκους. Παρ’ όλες τις προσπάθειες των Τούρκων, που χρησιμοποίησαν ακόμα και κανόνια, ο Πύργος παρέμενε απόρθητος. Όταν όμως ο αποκλεισμός έγινε στενότερος, οι πολιορκημένοι πραγματοποίησαν έξοδο και βρήκαν καταφύγιο στο όρος Βέρμιο.
Εν τω μεταξύ η πόλη είχε μεταβληθεί σε κόλαση από τις σφαγές. Δεκατρείς, κατά την παράδοση, νέες γυναίκες έπεσαν με τα παιδιά τους στον καταρράκτη της Αράπιτσας, στη θέση Στουμπάνοι, για να μην ατιμαστούν από τους Τούρκους.
Έπειτα ο Εμπού Λουμπούτ, σε εφαρμογή του Ιερού Φετβά διέταξε να ξεκινήσουν οι αποκεφαλισμοί των συλληφθέντων. Οι σφαγές δεν σταμάτησαν, παρά μόνο όταν κατά την παράδοση ένα αποκεφαλισμένο σώμα περπάτησε ορισμένα μέτρα. Στις εκτελέσεις έλαβαν ενεργό μέρος και 600 Εβραίοι της Θεσσαλονίκης που ακολουθούσαν τους Οθωμανούς. Οι νεκροί και οι αιχμάλωτοι, κατά τον ιστορικό Σπυρίδωνα Τρικούπη, έφτασαν τις 5.000 ενώ, κατά τον ίδιο ιστορικό, σημειώθηκαν βαρβαρότητες σε βάρος των αιχμαλώτων και των γυναικοπαίδων. Υπολογίζεται ότι οι εκτελεσμένοι στην περιοχή Κιόσκι Ναουσαίοι έφτασαν στους 1.241, ενώ άλλη πηγή αναφέρει πως ο αριθμός των αποκεφαλισμένων άγγιξε τους 1.500. Την μανία των Τούρκων εναντίον των κατοίκων της Νάουσας πιστοποιεί και έγγραφο του ίδιου του Εμπού Λουμπούτ το οποίο αναφέρει: «πάνω ἀπό 2.000 Ναουσαῖοι σφαγιάστηκαν ἢ ἀπαγχονίστηκαν, τὰ παιδιὰ καὶ οἱ σύζυγοί τους ἐξανδραποδίσθηκαν, οἱ περιουσίες τοὺς δημεύθηκαν ἐνῶ οἱ οἰκίες τους παραδόθηκαν στὶς φλόγες…».
Στις 7 Μαΐου 1822 ο Εμπού Λουμπούτ επέστρεψε στη Θεσσαλονίκη με 400 Ναουσαίους αιχμαλώτους, κυρίως γυναίκες και παιδιά. 60 απ’ αυτούς κρεμάστηκαν στις πύλες της Θεσσαλονίκης για εκφοβισμό. Οι περισσότερες από τις γυναίκες πωλήθηκαν και οδηγήθηκαν στα χαρέμια πλούσιων Οθωμανών, ενώ άλλες θανατώθηκαν με φρικτά μαρτύρια. Αυτήν την μοίρα ειδικότερα επεφύλαξαν για τις γυναίκες των αρχηγών της επανάστασης στη Νάουσα, την Ζαφειράκαινα και την Μαρία Καρατάσαινα. Σύμφωνα με την πιο διαδεδομένη εκδοχή, η πρώτη χτίστηκε ζωντανή στην Αγιά Σοφία της Θεσσαλονίκης, η δεύτερη θανατώθηκε μέσα σε ένα σακί από φίδια.
Μετά την καταστροφή της Νάουσας, η επανάσταση στη Μακεδονία ουσιαστικά έσβησε, αν και συνεχίστηκαν κάποιες εχθροπραξίες στα βουνά της Δυτικής Μακεδονίας. Υπολογίζεται ότι 50 ή, κατ’ άλλο υπολογισμό, 120 χωριά και κωμοπόλεις της Δ. Μακεδονίας καταστράφηκαν από τους Τούρκους, οι οποίοι σκότωσαν πολλούς Έλληνες, ενώ στην περίπτωση της Νάουσας με σουλτανικό φιρμάνι αποδόθηκαν στο οθωμανικό δημόσιο όλες οι αγροτικές ιδιοκτησίες και τα χωράφια που ανήκαν στους σκοτωμένους επαναστάτες.
Το τραγικό γεγονός της καταστροφής της Νάουσας, προκάλεσε μεγάλη εντύπωση τόσο στους σύγχρονους όσο και στους μεταγενέστερους. Ήδη από τον 19ο αιώνα είναι γνωστά δημοτικά τραγούδια με αυτό το θέμα. Σαφώς το πιο δημοφιλές είναι η «Μακρυνίτσα» που ξεκινά με τον στίχο «Τρία πουλάκια κάθονταν στης Νάουσας το κάστρο».
Στο ερώτημα γιατί δεν πέτυχε η προσπάθεια των Ναουσαίων, μια απάντηση είναι, ότι δεν υπήρχαν επαρκείς δυνάμεις από πλευράς Ελλήνων και το γεγονός αυτό συνδέεται με το άλλο μεγάλο ερώτημα: Γιατί η επανάσταση τελικά δεν εδραιώθηκε στη Μακεδονία σε σχέση με την υπόλοιπη νότια Ελλάδα;
Η απάντηση βρίσκεται πρώτα σε οργανωτικής φύσεως προβλήματα και ζητήματα συντονισμού των κινήσεων. Δεν πρέπει να ξεχνάμε ότι η Κωνσταντινούπολη είναι πολύ πιο κοντά στη Μακεδονία απ’ ό, τι στον Μοριά και τη Ρούμελη. Επίσης, σε όλη τη Μακεδονία υπάρχουν τα διοικητικά κέντρα της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας, όπου εδρεύουν ισχυρές στρατιωτικές δυνάμεις των Οθωμανών».
Εις ανάμνηση των γεγονότων αυτών φιλοτεχνήθηκε γλυπτό που δημιουργήθηκε ως σύμβολο τιμής και μνήμης των γυναικών της Νάουσας και είναι το μνημείο της Ναουσαίας με τα παιδιά της που στήθηκε στην τοποθεσία Στουμπάνοι το 1973. Κατασκευάστηκε από μπρούντζο. To άγαλμα απεικονίζει μια νεαρή Ναουσαία μάνα με τα δύο παιδιά της, εκ των οποίων η κόρη της βρίσκεται στην ποδιά της και ακολουθεί τη μαμά της προς την Αράπιτσα, ενώ το μωρό κοιμάται στο στήθος της μητέρας του.
Επίσης, την επανάσταση και καταστροφή της Νάουσας απαθανατίζει το μαρμάρινο Μνημείο των Ηρώων του οποίου η κατασκευή ξεκίνησε τον Αύγουστο του 2010 και τα αποκαλυπτήρια έγιναν την Κυριακή 1η Μαΐου του 2011 στο πλακόστρωτο του Δημοτικού Πάρκου της πόλης.
Για την συνεισφορά της στον Αγώνα για την απελευθέρωση από τους Τούρκους, η Νάουσα ανακηρύχθηκε «Ηρωική Πόλη» με Βασιλικό Διάταγμα του 1955. Κάθε χρόνο η επέτειος του Ολοκαυτώματος της πόλης τιμάται με εκδηλώσεις μνήμης, παρελάσεις και δοξολογίες, την Κυριακή του Θωμά.