Ο Ιωάννης Καποδίστριας γεννήθηκε το 1776 στην Κέρκυρα μέσα σ’ ένα αυστηρής ηθικής αριστοκρατικό περιβάλλον. Διδάσκεται τα πρώτα του γράμματα κατ’ οίκον από αξιόλογους δασκάλους, ενώ συχνάζει στη Μονή της Πλατυτέρας πλάι στον Ηγούμενο Συμεών. Η μητέρα του είναι αυτή που ενσταλάζει στην ψυχή του το καθάριο θρησκευτικό συναίσθημα και την αγάπη για τον ελληνισμό και για τις αξίες του Έθνους.
Θρεμμένος με τις ελληνορθόδοξες παραδόσεις της Κυπρίας μητέρας του (Αδαμαντίας), ήταν δεμένος με την Ορθοδοξία και το εκκλησιαστικό σώμα. Το γεγονός μάλιστα, ότι δυο από τις αδελφές του έγιναν ορθόδοξες μοναχές, τι άλλο φανερώνει από την εκκλησιαστικότητα της οικογενείας του; Έτσι, και αν ακόμη κατά την παραμονή του στην Ευρώπη, ως ευφυής και ικανός διπλωμάτης, κατόρθωνε να συγκαλύπτει το αληθινό φρόνημά του, όταν ανέλαβε τα ηνία της ανοργάνωτης ελληνικής πολιτείας, δεν είχε λόγο να αποκρύψει τους αληθινούς στόχους του. Ήδη η πρώτη προκήρυξή του προς τον ελληνικό λαό άρχιζε με τη φράση: «Ἐὰν ὁ Θεὸς μεθ’ ἡμῶν, οὐδεῖς καθ’ ἡμῶν».
Ήταν γνωστή, άλλωστε, η αντίθεση του Καποδίστρια προς την Γαλλική Επανάσταση (1789) και κυρίως τις αντιθρησκευτικές αρχές της. Δεν έπαυσε ποτέ να ανήκει ολόκληρος στην Ορθοδοξία, η οποία διεκδικεί «μοναδικότητα» και «αποκλειστικότητα» στη συνείδηση και ζωή του ανθρώπου. Ο Καποδίστριας έβλεπε ζυμωμένη την ύπαρξη του Έθνους με την Ορθοδοξία, την ζωτική πνοή και αναστάσιμη δύναμή του: «Ἡ χριστιανικὴ θρησκεία (ὡς Ὀρθοδοξία)», έλεγε, «ἐσυντήρησεν εἰς τοὺς Ἕλληνας καὶ γλώσσαν καὶ πατρίδα καὶ ἀρχαίας ἐνδόξους ἀναμνήσεις καὶ ἐξαναχάρισεν εἰς αὐτοὺς τὴν πολιτικὴν ὕπαρξιν, τῆς ὀποίας εἶναι στύλος καὶ ἐδραίωμα».
Ακολουθώντας την παράδοση του αγίου Κοσμά του Αιτωλού, θεωρούσε και αυτός την παιδεία αχώριστη από την εκκλησιαστική ζωή και απέκρουε την μονομερή ανάπτυξη του πνεύματος χωρίς την χριστιανική διάπλαση της καρδίας. «Τα άθεα γράμματα» ήταν και για τον Καποδίστρια αναίρεση της ελληνορθόδοξου παραδόσεως και, συνεπώς, δεν είχαν θέση στην ζωή του ελληνικού έθνους. Μία από τις βασικότερες εναντίον του κατηγορίες, που διετύπωναν οι προτεστάντες –οι οποίοι επέπεσαν στην Ελλάδα αμέσως μετά την Επανάσταση για την εκφράγκευσή της– ήταν ότι τα σχολεία του Καποδίστρια είχαν μοναστηριακή οργάνωση και συνεδύαζαν καθημερινά παιδεία και λατρεία, προσφέροντας ως αναγνώσματα στην τράπεζα Βίους Αγίων!
Ο Καποδίστριας προέβαλλε συχνά αντιρρήσεις στην κυκλοφορία προτεσταντικών φυλλαδίων, που προσέβαλλαν τη θρησκευτική παράδοση του λαού. Εξ άλλου, ο Καποδίστριας έγραφε ότι «οἱ Ἕλληνες θὰ δέχονταν εὐχαρίστως σχολεία καὶ ἄλλα, βιβλία, εἰκόνες, καὶ τέλος κάθε τι, ποὺ δὲν θὰ τοὺς ἀποσποῦσε ἢ δὲν θὰ ὑπονόμευε τὴν πίστη τους στὴν Ἐκκλησία τοῦ Ἔθνους τους».
Παιδεία και Εκκλησία ήταν τα βασικά ενδιαφέροντά του, για την πνευματική συνέχεια του Έθνους, όπως και η δικαιοσύνη, για την εκσυγχρονισμένη οργάνωσή του. Φρόντισε για την ανακαίνιση των ερειπωμένων εκκλησιών, για την μόρφωση του Κλήρου, ιδρύοντας εκκλησιαστική σχολή στον Πόρο.
