«Ο μόνος αντίπαλος που δύσκολα ηττάται είναι ο απόλυτα έντιμος άνθρωπος.
Και τέτοιος είναι ο Καποδίστριας».
(Μέττερνιχ , Αυστριακός Καγκελάριος για τον Ι. Καποδίστρια)
Όποια πτυχή της δράσης του Ιωάννη Καποδίστρια κι αν εξετάσει κανείς, θα αισθανθεί το μεγαλείο αυτής της προσωπικότητας. Ωστόσο θα σταθούμε στον άνθρωπο Καποδίστρια. Η μετριοπάθεια, η ταπεινοφροσύνη, η συγχωρητικότητα, η ανιδιοτέλεια, η αφιλοχρηματία, η ευψυχία, η καρτερία, η δικαιοσύνη, η γενναιοψυχία, η αυταπάρνηση και η μέχρι θανάτου αυτοθυσία είναι εκείνα τα στοιχεία του ανθρώπου, που τον μετατρέπουν όχι σε μια ακόμη ηγετική φυσιογνωμία του έθνους μας, αλλά στον άνθρωπο που με τη στάση ζωής και τις πράξεις του αποτελούν παράδειγμα πολιτικού ήθους.
Ως ιατρός στην Κέρκυρα, ως διπλωμάτης του Τσάρου της Ρωσίας, ως εκπρόσωπος της Ρωσίας στην Ελβετία, ως κυβερνήτης της Ελλάδος… Σε όλες τις θέσεις και τα αξιώματα άτεγκτο και σταθερό παρέμεινε το ήθος και η σεμνότητα του ανθρώπου που θεωρούσε το αξίωμα λειτούργημα και όχι μέσον πλουτισμού ή ικανοποίησης προσωπικών φιλοδοξιών.
Στην Κέρκυρα ο Καποδίστριας θεράπευε δωρεάν τους ασθενείς του που ήταν από τον απλό λαό. Ως διπλωμάτης στην υπηρεσία του Τσάρου δεν απορροφήθηκε από το κοσμοπολίτικο περιβάλλον της Ρωσικής αυλής:
«Εἶμαι εὐχαριστημένος… (γράφει στον πατέρα του) Ἀντιστάθηκα στὶς πιὸ μεγάλες καὶ γοητευτικὲς προτάσεις… Μοῦ προσφέρθηκαν περισσότερες ἀπὸ μία ὡραῖες ἀποκαταστάσεις. Τὶς ἀρνήθηκα χωρὶς δυσαρέσκειαν. Θὰ εἶχα γίνει κροῖσος στὰ πλούτη, ἀλλὰ στοὺς ἀντίποδες. Θὰ εἶχα προχωρήσει κατὰ χίλια βήματα στὴ σταδιοδρομία μου, ἀλλὰ ἔξω ἀπὸ τὶς ἀρχές μου, ἀπὸ τὴν ἀτμόσφαιρά μας. Δὲν τὸ θέλησα καὶ οὔτε θὰ τὸ θελήσω ποτέ… Ἐλπίζω στὴ θεϊκὴ προστασία».
Το 1815 ο Τσάρος του ανακοίνωσε την πρόθεσή του να τον διορίσει Υπουργό των Εξωτερικών, αρχικά δεν δέχτηκε, διότι δεν θα μπορούσε να θυσιάσει τα συμφέροντα της πατρίδας του ευρισκόμενος στην υψηλή αυτή θέση. Απάντησε, λοιπόν, στον Τσάρο:
«Μεγαλειότατε, ἐντίμως σᾶς δηλώνω ὅτι ὁσάκις εὑρεθῶ πρὸ τοῦ τραγικοῦ διλήμματος νὰ ὑποστηρίξω τὰ συμφέροντα τῆς σκλαβωμένης πατρίδος μου ἢ τὰ συμφέροντα τῆς ἀχανοῦς αὐτοκρατορίας σας, δὲν θὰ διστάσω οὔτε στιγμή: Θὰ τεθῶ μὲ τὸ μέρος τῆς πατρίδος μου […]. Θὰ ἦταν ἐκ μέρους μου ἀχαριστία, θὰ παρέβαινα τὰ καθήκοντά μου πρὸς τὴν γῆν ποὺ μὲ γέννησε, ἐάν, προκειμένου νὰ ἀπαλλαγῶ ἀπὸ τὶς πιέσεις ποὺ θὰ μοῦ ἔκαναν, θεωροῦσα τὸν ἑαυτό μου ξένον πρὸς τὴν Ἑλλάδα. Αἰσθάνομαι ὅμως τὸν ἑαυτό μου ἀνίκανον γιὰ μιὰ τέτοια θυσία! […]. Θὰ εὑρίσκομαι σὲ συνεχῆ ἐπικοινωνία μαζί τους, θὰ τοὺς βοηθῶ! […]. Εἶμαι Ἕλλην καὶ θὰ μείνω Ἕλλην γιὰ πάντα».
Αυτήν την εντιμότητά του την αναγνώρισαν μέχρι και οι εχθροί του. Ως πολιτικό αντίπαλο, μπορεί ο Μέττερνιχ να τον πολεμούσε με ασίγαστο μίσος, αλλά ως άνθρωπο τον θαύμαζε: «Ο μόνος αντίπαλος που δύσκολα ηττάται είναι ο απόλυτα έντιμος άνθρωπος. Και τέτοιος είναι ο Καποδίστριας». Πιστός στην ζωή που επέλεξε, απομακρύνθηκε εκούσια από τη θέση του Υπουργού των Εξωτερικών, όταν κατάλαβε ότι δεν μπορεί να ελπίζει σε βοήθεια από τον Τσάρο στον αγώνα των Ελλήνων. Αντιτάχθηκε σθεναρά απέναντί του αρνούμενος να εκτελέσει αποφάσεις:
«Ναι, βεβαίως το βλέπω, όπως και σεις. Αλλά δεν είμαι εγώ εκείνος που θα τις εκτελέσει!». Έδωσε την παραίτησή του στον Τσάρο «πιστά αφοσιωμένος στην έντιμη μοίρα της πατρίδος του».
Μετά την παραίτησή του από το αξίωμα του στη Ρωσία, ο Τσάρος τού επιτρέπει να διατηρήσει τα προνόμια του (αφού η παραίτηση δεν έγινε δεκτή). Εκείνος εγκαθίσταται στη Γενεύη. Σε δυο «πτωχικά δωμάτια» διαμένει προκαλώντας έκπληξη και απορίες με τη στάση του. Η απάντησή του όμως αποκαλύπτει το ήθος του πολιτικού Καποδίστρια:
«Ὅταν ἀφοῦ ἐκτύπησα πρῶτον τὰς θύρας τῶν μεγάρων τῶν πλουσίων ἠναγκάσθην κατόπιν νὰ κτυπήσω καὶ τὰς θύρας τῶν πτωχῶν ζητῶντας τὸν ὀβολόν τους προκειμένου νὰ στείλω τρόφιμα καὶ πολεμοφόδια εἰς τὸν ἀγωνιζόμενον ἑλληνικὸν λαόν ἔπρεπε νὰ ἠμπορῶ νὰ τοὺς λέγω: Ἔδωσα πρῶτος ἐγὰ τὰ πάντα. Κανόνισα νὰ μὴν ἐξοδεύσω διὰ τὸν ἑαυτό μου καὶ διὰ τὸν ὑπηρέτην μου περισσότερα, ἀπό 60 φράγκα τὸν μῆνα. Ὅλον τὸν ἄλλον μισθόν μου τὸν στέλνω στὴν Ἑλλάδα…».
Αλλά και όταν έφθασε στην Ελλάδα ως εκλεγμένος, από την Εθνοσυνέλευση της Τροιζήνας, Κυβερνήτης, αποδεικνύει το μεγαλείο της προσωπικότητάς του. Αρνήθηκε να έχει ιδιαίτερο οίκημα. Θέλησε να ζει απλά, γιατί συμμερίστηκε την κατάσταση της Ελλάδος. Επίπλωσε το σπίτι που έμενε με «σιδηρᾶν κλίνην καὶ ξύλινον τραπέζιον». Γι’ αυτό ο αντικαποδιστριακός Γερμανός ιστορικός Μέντελσον-Μπαρτόλντι, όταν επισκέφτηκε τον Καποδίστρια έγραψε:
«Ὁ μόνος στολισμός του κυβερνητικοῦ… μεγάρου εἶναι ὁ λαμπρός ἥλιος της Ἑλλάδας καὶ ἡ λατρεία τῶν Ἑλλήνων, μὲ τὴν ὁποἰα δικαίως τὸν περιβάλλουν».