Μετά την εκδήλωση της επανάστασης του Υψηλάντη στη Βλαχία, άρχισαν μαζικές διώξεις κατά των χριστιανών της Κωνσταντινούπολης, με σφαγές και φυλακίσεις. Μεταξύ των άλλων φυλακίστηκαν ή εκτελέστηκαν πολλοί επίσκοποι.
Μέσα σε αυτές τις συνθήκες («ὑπὸ τὴν δαμόκλειαν σπάθην τὴν κρεμαμένην … ἐπὶ τῆς κεφαλῆς τοῦ ἑλληνικοῦ πληθυσμοῦ τῆς Κωνσταντινουπόλεως») ο Πατριάρχης, επικεφαλής συνόδου αρχιερέων και λαϊκών, αναγκάστηκε να εκδώσει δύο αφορισμούς. Ο Κωνσταντίνος Κούμας αναφέρει, ότι ο Άγιος Γρηγόριος δεν ήταν μόνο «σεμνός τὸ ἦθος, λιτὸς τὴν δίαιτα, ταπεινὸς τὴν στολήν, ζηλωτὴς τῆς πίστεως, δραστηριώτατος εἰς ὅλα τὰ ἔργα του», αλλά ήταν και «ἄκαμπτος εἰς τὰς ἰδέας του καὶ δὲν τὸν ἔμελε διὰ κανέν ἐναντίον, ὅταν ἀπεφάσιζε τίποτε».
Και ο Γρηγόριος αποφάσισε. Έταξε ως σκοπό στην ζωή του να υπηρετήσει πιστά το Γένος και να βοηθήσει με όλες τις δυνάμεις του και με την ζωή του στην απελευθέρωση από τον Τουρκικό ζυγό. Για την πραγματοποίηση του σκοπού του χρησιμοποιούσε όλη του την διπλωματική δεξιοτεχνία. Στην προσπάθειά του ο Εθνομάρτυρας να διασώσει τον Ελληνικό πληθυσμό από την σφαγή και συγχρόνως να παραπλανήσει τον Σουλτάνο και να δώσει την ευκαιρία στους αγωνιστές να εργάζονται ανενόχλητοι, αναγκάσθηκε να αφορίσει τους επαναστάτες.
Συντριπτική απάντηση στους κατήγορους του Γρηγορίου θα δώσει ο Αλέξανδρος Υψηλάντης με τις οδηγίες, που έστειλε στους αρχηγούς της Πελοποννήσου: «Ὁ μὲν Πατριάρχης βιαζόμενος παρὰ τῆς Πόρτας σᾶς στέλλει αφοριστικὸ καὶ ἐξάρχους, παρακινώντας σας νὰ ἐνωθήτε μὲ τὴν Πόρταν. Ἐσεῖς ὅμως νὰ θεωρῆτε ταῦτα ὡς ἄκυρα, καθόσον γίνονται μὲ βίαν καὶ δυναστείαν καὶ ἄνευ θελήσεως τοῦ Πατριάρχου…..».
Είναι χαρακτηριστική η επιστολή που έστειλε ο Άγιος Γρηγόριος στις 26 Δεκεμβρίου 1820 στον Επίσκοπο Σαλώνων Ησαΐα και πολύτιμη από ιστορική άποψη, διότι αποδεικνύει πως ο Εθνομάρτυρας παρακολουθούσε όλα, όσα συνέβαιναν στην Ελλάδα. Σε όλες του τις λεπτομέρειες και τις προετοιμασίες για την επανάσταση: «….Ἴδια πράυνον τὸν Βεζύρην λόγοις καὶ ὑποσχέσεσιν, ἀλλὰ μὴ παραδοθήτω εἰς λέοντος στόμα. Ἄσπασον οὖν ταῖς ἐμαῖς εὐχαῖς τοὺς ἀνδρείους ἀδελφούς, προτρέπων εἰς κρυψίνοιαν διὰ τὸν φόβον τῶν Ἰουδαίων. Ἀνδρωθήτωσαν ὧσπερ λέοντες καὶ ἡ εὐλογία τοῦ Κυρίου κρατύνει αὐτούς, ἐγγὺς δ’ ἐστί τοῦ Σωτῆρος τὸ Πᾶσχα…»
Ο Άγιος Γρηγόριος συνιστούσε τον αγώνα για την ελευθερία και τον ενίσχυε με κάθε μέσο. Ήταν αποφασισμένος να θυσιασθεί για την Πατρίδα. «Χρεωστοῦμεν», έλεγε, «νὰ ποιμαίνωμεν καλῶς τὰ ποίμνιά μας καὶ χρείας τυχούσης νὰ κάμωμεν, ὅπως ἔκαμεν ὁ Ἰησοὺς δι’ ἡμᾶς διὰ νὰ μᾶς σώσῃ…»
Σε επιστολή, που έστειλε προς τον Παλαιών Πατρών Γερμανό, έγραφε: «Συλλειτουργέ ἐν Χριστῷ καὶ λίαν ἀγαπητὲ ἀδελφέ. Ἔλαβον τὴν ἀπὸ 20 Ἀπριλίου ἐπιστολήν σου. Ἡ ἀπόφασίς μου περὶ μελετωμένης ἀνορθώσεως «σχολῆς» τῆς φιλτάτης πατρίδος εἶναι τοιαύτη, ὡς ἡ ἰδική σας. Ὅπως θέλῃς μάθει καὶ παρὰ τοῦ ἰδίου. Τὸ κιβώτιον τοῦ ἐλέους πρέπει νὰ ἐμψυχωθῇ. Καὶ τὴν βουλὴν τοῦ Κυρίου ἀνθρώπιναι δυνάμεις δὲν δύνανται νὰ τὴν μεταβάλουν. Γεννηθήτω τὸ θέλημά Του».(Κάτω από την λέξι «σχολήν» υπονοούσαν την Ελληνική Επανάσταση).
Όταν σε μία συνεδρίαση της Ιεράς Συνόδου του Οικουμενικού Πατριαρχείου, ο Μητροπολίτης Δέρκων Γρηγόριος προέτρεψε τον Πατριάρχη να μεταβούν στην Πελοπόννησο, για να τεθούν επί κεφαλής της Επαναστάσεως, ο Γρηγόριος ο Ε΄ απάντησε: «Καὶ ἐγὼ ὡς κεφαλὴ τοῦ Ἔθνους καὶ ὑμεῖς ὡς Σύνοδος ὀφείλομεν νὰ ἀποθάνωμεν διὰ τὴν κοινὴν σωτηρίαν. Ὁ θάνατος ἡμῶν θὰ δώσῃ δικαίωμα εἰς τὴν Χριστιανοσύνην νὰ ὑπερασπίσῃ τὸ Ἔθνος ἐναντίον τοῦ τυράννου. Ἀλλ’ ἂν ὑπάγωμεν ἡμεῖς νὰ θαρρύνωμεν τὴν Ἐπανάστασιν, τότε θὰ δικαιώσωμεν τὸν Σουλτάνον ἀποφασίσαντα νὰ ἐξολοθρεύσῃ ὅλον τὸ Ἔθνος»
Όταν μερικοί προσπάθησαν να τον πείσουν να φύγη από την Κωνσταντινούπολη και να σώσει τον εαυτό του, ο καλός ποιμένας απάντησε: «Μὲ προτρέπετε εἰς φυγήν. Μάχαιρα θὰ διέλθῃ τὰς ῥύμας τῆς Κωνσταντινουπόλεως καὶ λοιπῶν πόλεων τῶν χριστιανικῶν ἐπαρχιῶν. Ὑμεῖς ἐπιθυμεῖτε ὅπως ἐγὼ μεταμφιεζόμενος καταφύγω εἰς πλοῖον ἢ κλεισθῶ ἐν οἰκίᾳ οἰουδήποτε εὐεργετικοῦ ὑμῶν Πρεσβευτοῦ, νὰ ἀκούω δὲ ἐκεῖθεν ὅπως οἱ δήμιοι κατακρεουργοῦσι τὸν χηρεύοντα λαόν. Οὐχί! Ἐγὼ διὰ τοῦτο εἶμαι Πατριάρχης, ὅπως σώσω τὸ Ἔθνος μου, οὐχὶ δὲ ὅπως θὰ θεωρήσωσιν ἀδιαφόρως ὅτι ἡ πίστις αὐτῶν ἐξυβρίσθη ἐν τῷ προσώπῳ μου. Οἱ Ἕλληνες, οἱ ἄνδρες τῆς μάχης, θὰ μάχωνται μετὰ μεγαλυτέρας μανίας, ὅπερ συχνάκις δωρεῖται τὴν νίκην. Εἰς τοῦτο εἶμαι πεπεισμένος. Βλέπετε μεθ’ ὑπομονῆς εἰς ὅ,τι καὶ ἂν μοῦ συμβῇ. Σήμερον (Κυριακὴ τῶν Βαΐων) θὰ φάγωμεν ἰχθεῖς, ἀλλὰ μετά τινας ἡμέρας καὶ ἴσως καὶ τούτην τὴν ἑβδομάδα οἱ ἰχθεῖς θὰ μᾶς φάγωσιν… Ναί, ἂς μὴ γίνω χλεύασμα τῶν ζώντων. Δὲν θὰ ἀνεχθῶ ὥστε εἰς τὰς ὁδούς τῆς Ὀδησσοῦ, τῆς Κερκύρας καὶ τῆς Ἀγκῶνος διερχόμενον ἐν μέσῳ τῶν ἀγυιῶν νὰ μὲ δακτυλοδεικτῶσι λέγοντες: «Ἰδοῦ ἔρχεται ὁ φονεῦς Πατριάρχης». Ἂν τὸ Ἔθνος μου σωθῇ καὶ θριαμβεύσῃ, τότε πέποιθα θὰ μοῦ ἀποδώσῃ θυμίαμα ἐπαίνου καὶ τιμῶν, διότι ἐξεπλήρωσα τὸ χρέος μου… Ὑπάγω ὅπου μὲ καλεῖ ὁ νοῦς μου, ὁ μέγας κλήρος τοῦ Ἔθνους καὶ ὁ Πατὴρ ὁ οὐράνιος, ὁ μάρτυς τῶν ἀνθρωπίνων πράξεων».
Ο Γρηγόριος ο Ε΄, ο φλογερός αυτός Ιεράρχης, ακολούθησε τον δρόμο του. Επωμίσθηκε τον σταυρό του. Ανέβηκε τον Γολγοθά του.