Το τραγικό στην περίπτωση του Καποδίστρια είναι ότι, βέβαιος για τον εθνωφελή χαρακτήρα του επιτελουμένου έργου του, δεν πίστευε ότι θα βρεθούν αδελφοί του Έλληνες, που θα θελήσουν να το καταστρέψουν. Έλεγε ο ίδιος ότι «Οἱ Ἕλληνες δὲν θὰ φθάσουν ποτὲ μέχρι τοῦ σημείου νὰ μὲ δολοφονήσουν. Θὰ σεβασθοῦν τὴν λευκή κεφαλή μου […]. Ἄλλωστε εἶμαι ἀποφασισμένος νὰ θυσιάσω τὴν ζωήν μου διὰ τὴν Ἑλλάδα καὶ θὰ τὴν θυσιάσω. Ἐὰν οἱ Μαυρομιχαλαίοι θέλουν νὰ μὲ δολοφονήσουν, ἂς μὲ δολοφονήσουν. Τόσον τὸ χειρότερον διὰ αὐτούς. Θὰ ἔλθη κάποτε ἡ ἡμέρα, κατὰ τὴν ὁποίαν οἱ Ἕλληνες θὰ ἐννοήσουν τὴν σημασίαν τῆς θυσίας μου». Λόγια προφητικά, αλλά συνάμα και ενδεικτικά της ολοκληρωτικής αφοσιώσεως του ερημίτη πολιτικού στη διακονία της Πατρίδος και του Γένους.
Στις 27 Σεπτεμβρίου 1831 έφυγε από το ταπεινό Κυβερνείο του Ναυπλίου, για να λειτουργηθεί, όπως έκανε σε όλην την ζωή του, ως πιστός ορθόδοξος. Το γεγονός, ότι τα φονικά βόλια τον βρήκαν λίγο μετά της 6.30 το πρωΐ, δεν πρέπει να μείνει απαρατήρητο. Δεν ήταν ο πολιτικός των δοξολογιών και των πανηγύρεων. Ήταν ένας Ρωμηός, όπως όλος ο απλός και ευσεβής Λαός, για το καλό του οποίου ανάλωνε τη ζωή του. Και γι’ αυτό μαζί με τον λαό από τον Όρθρο συμμετείχε στη σύναξη του εκκλησιαστικού σώματος. Βγαίνει πρωί ακόμη από την οικία του, στο Ναύπλιο, το «Κυβερνείο», που βρίσκεται (ακόμη) στη σημερινή πλατεία Τριών Ναυάρχων και κατευθύνεται προς τον ναό του Αγίου Σπυρίδωνα. Ο Καποδίστριας συνοδεύεται από δύο σωματοφύλακες: τον 31χρονο μονόχειρα Γεώργιο Κοζώνη, που έχασε το χέρι του κατά τη διάρκεια των μαχών στην Επανάσταση και τον Δημήτριο Λεωνίδη. Ο κυβερνήτης περπατάει αργά στον Μεγάλο Δρόμο (σήμερα οδός Βασιλέως Κωνσταντίνου) και κοντοστέκεται στη διασταύρωση με την οδό Σωφρόνη (σήμερα Αγγέλου Τερζάκη) και στρίβει αριστερά προς τον ναό του Αγίου Σπυρίδωνος. Ξαφνικά εμφανίζονται μπροστά του συνοδευόμενοι από φρουρούς (τελούν υπό επιτήρηση) ο Γεώργιος και ο Κωνσταντίνος Μαυρομιχάλης, γιος και αδελφός του Πετρόμπεη Μαυρομιχάλη, που βρίσκεται φυλακισμένος στο Ιτς Καλέ. Ο Καποδίστριας τούς χαιρετά σηκώνοντας ελαφρά το ημίψηλο καπέλο του και οι Μαυρομιχάληδες ανταποδίδουν τον χαιρετισμό. Ο Καποδίστριας συνεχίζει ψύχραιμος προς τον ναό του Αγίου Σπυρίδωνος. Οι επίδοξοι δολοφόνοι του Κυβερνήτη φθάνουν πριν από αυτόν στον Άγιο Σπυρίδωνα, ακολουθώντας συντομότερη διαδρομή και περιμένουν προκλητικά στην είσοδο του ναού. Ο κυβερνήτης διακρίνει από μακριά τον Κωνσταντίνο Μαυρομιχάλη, αλλά δεν δίνει σημασία. Ο Καποδίστριας πλησιάζει στην είσοδο του ναού και βγάζει το καπέλο του για να μπει μέσα. Ο Κωνσταντίνος Μαυρομιχάλης τον αρπάζει με δύναμη από το αριστερό χέρι και τον πυροβολεί στην βάση του κρανίου, ενώ ο Γιώργης του καρφώνει το μαχαίρι στη βουβωνική χώρα. Στη δολοφονική επίθεση συμμετέχει κι ένας από τους φρουρούς των Μαυρομιχαλαίων, ο Ι. Καραγιάννης, που πυροβολεί εναντίον των σωματοφυλάκων του Καποδίστρια· η σφαίρα του καρφώνεται (και υπάρχει μέχρι σήμερα) στον τοίχο, δίπλα ακριβώς από την είσοδο του ναού.
Ο Ιωάννης Καποδίστριας πέφτει νεκρός, ενώ ο Κοζώνης κυνηγά τους δολοφόνους. Πυροβολεί τον Κωνσταντίνο Μαυρομιχάλη και η σφαίρα τον βρίσκει στην πλάτη. Ο στρατηγός Φωτομάρας τον πλησιάζει και τον πυροβολεί ξανά, ενώ το οργισμένο πλήθος, που τον καταδιώκει τον φθάνει και τον χτυπά με λύσσα· το πλήθος τον σέρνει, νεκρό πια, μέχρι την πλατεία του Πλάτανου και στη συνέχεια τον πετάει από τα τείχη του φρουρίου στη θάλασσα. Ο Γεώργιος Μαυρομιχάλης καταφεύγει στο κτήριο της γαλλικής πρεσβείας και στη συνέχεια παραδίδεται στις Αρχές και καταδικάζεται σε θάνατο. Τουφεκίστηκε στο Ιτς Καλέ λίγες μέρες μετά.
Ο τάφος του Ιωάννη Καποδίστρια βρίσκεται μέσα στην Ιερά Μονή Πλατυτέρας, στα όρια της πόλης της Κέρκυρας. Η οικογένεια του πρώτου κυβερνήτη της Ελλάδας, που καταγόταν από την Κέρκυρα είχε αναπτύξει ιδιαίτερες σχέσεις με τη Μονή, με αποτέλεσμα εκτός από τον Τάφο του Ιωάννη Καποδίστρια να βρίσκονται εκεί επίσης οι τάφοι του Αντωνίου-Μαρία Καποδίστρια (πατέρα του Κυβερνήτη) και του Αυγουστίνου Καποδίστρια (αδελφού του Κυβερνήτη). Μετά τη δολοφονία του στο Ναύπλιο, την τότε πρωτεύουσα του ελληνικού κράτους, η σορός του Καποδίστρια μεταφέρθηκε από τον αδερφό του στην Κέρκυρα για να ενταφιαστεί στη Μονή Πλατυτέρας, όπου βρίσκεται έως σήμερα ο Τάφος του Ιωάννη Καποδίστρια.