Στις αρχές του Οκτώβριου 1825 κατέπλευσαν στην Αλεξάνδρεια της Αιγύπτου πολεμικά πλοία όλων των Οθωμανών και των συμμάχων τους, συνολικής δύναμης 145 πλοίων, που αποτελούνταν από τούρκικα, αιγυπτιακά και αλγερινά πολεμικά σκάφη. Παράλληλα, στην πόλη αυτή συγκεντρώθηκαν 8.000 Άραβες πεζοί, 1.200 ιππείς καθώς και περίπου 800 άτακτοι Τούρκοι που εκγυμνάζονταν υπό την επίβλεψη Γάλλων στρατηγών, ενώ μεγάλες ποσότητες τροφίμων και πολεμοφοδίων είχαν επίσης φτάσει από τους Γαλλικούς λιμένες. Με όλες αυτές τις δυνάμεις, ο Ιμπραήμ σκόπευε τόσο στην καθυπόταξη ολόκληρης της Πελοποννήσου όσο και στην άλωση του Μεσολογγίου.
Στις 25 Δεκεμβρίου 1825 άρχισε η δεύτερη φάση της πολιορκίας του Μεσολογγίου. Ο αιγύπτιος Ιμπραήμ επεχείρησε με τις δικές του δυνάμεις να καταλάβει το Μεσολόγγι στις 16 Ιανουαρίου 1826. Απέτυχε, όμως, και αναγκάσθηκε να συμπράξει με τον Κιουταχή. Οι πολιορκημένοι ήρθαν σε συνεννόηση με τον Καραϊσκάκη, ο οποίος διεξήγαγε πόλεμο φθοράς στα νώτα του στρατεύματος του Κιουταχή, αναγκάζοντάς τον να περάσει σε θέση άμυνας, τον Οκτώβριο του 1825. Οι δύο στρατοί κατέστησαν ασφυκτική την πολιορκία με ανηλεή κανονιοβολισμό του Μεσολογγίου.
Δείτε το βίντεο με την ανάλυση των γεγονότων της Β’ Πολιορκίας του Μεσολογγίου:
Με την άφιξη του νέου ισχυρού στρατεύματος η πολιορκία ξανάρχισε σφοδρότερη. Παρόλα αυτά μέχρι τον Φεβρουάριο του 1826 οι Τούρκοι δεν είχαν σημειώσει καμία επιτυχία. Ο Ανδρέας Μιαούλης με τον στόλο του κατάφερνε να ανεφοδιάζει το Μεσολόγγι και η άμυνα των πολιορκημένων παρέμενε ισχυρή. Από τον Μάρτιο όμως η κατάσταση άρχισε να αλλάζει με κατάληψη από τους Τούρκους στρατηγικών νησίδων της λιμνοθάλασσας, όπως το Βασιλάδι και ο Ντολμάς. Με την κατάληψη των στρατηγικής σημασίας νησίδων Βασιλάδι και Κλείσοβας, η θέση των πολιορκουμένων κατέστη δεινή, κυρίως μετά και την αποτυχία του Μιαούλη να διασπάσει τον ναυτικό αποκλεισμό των Τούρκων. Παρά τον ασφυκτικό κλοιό των τουρκοαιγυπτιακών δυνάμεων από ξηρά και θάλασσα, τις αλλεπάλληλες επιθέσεις και τη «βροχή» των 100.000 οβίδων που είχε σωριάσει τα πάντα σε ερείπια, οι επαναστατικές σημαίες κυμάτιζαν ακόμη υπερήφανα στις επάλξεις των τειχών της «ιεράς πόλεως» των Ελλήνων. Ωστόσο, ένας πιο φοβερός και ανελέητος εχθρός – η πείνα – έκαμψε τους θρυλικούς υπερασπιστές της.
